Von einer Erholungsreise nach Ostindien zurückgekehrt, durchforschte er Sansibar und die gegenüberliegende Küste, und er unternahm auch eine dritte Expedition nach dem Somalland.
1874 kehrte er nach Europa zurück, begab sich aber schon im folgenden Jahr abermals nach Afrika, um die KomoreninselJohanna (Anjouan) zu durchforschen.
Ein Versuch, den Kilimandscharo und Mount Kenia zu erreichen, scheiterte 1875; doch kam er 1877 dem Kenia bis auf drei Tagesmärsche nahe.
Mit reicher Ausbeute, aber durch Fieber sehr geschwächt, kehrte Hildebrandt im November 1877 heim und lebte bis 1879 in Berlin.
Dann ging er nach Madagaskar. Auf einer ersten Expedition sammelte er sichere Nachrichten über das Ende Christian Rutenbergs. In Madagaskar entdeckte er 1878 eine unbekannte Palmenart,[1] die Bismarckpalme (Bismarckia nobilis), die er nach dem Reichsgründer Otto von Bismarck benannte. 1880, von abermaliger Erkrankung genesen, trat er eine Reise ins Innere der Insel an.
Von dort aus besuchte er das östlich gelegene Waldgebirge, unternahm dann eine Expedition in das Ankaratragebirge und wandte sich, von dort durch starken Regen vertrieben, nach Südbetsileo. Kaum nach Antananarivo zurückgekehrt, starb er dort am 29. Mai 1881. Seine Berichte veröffentlichte er in der Zeitschrift der Gesellschaft für Erdkunde.
Skizze zu einem Bilde central-madagassischen Naturlebens im Frühling. In: Zeitschrift der Gesellschaft für Erdkunde zu Berlin. Band16, Nr.3, 1881, S.194–203.
Karl Rudolf Burckhardt: Ueber Aepyornis. In: Palaeontologische Abhandlungen. Band6, Nr.2, 1893, S.127–145, Tafeln 13 bis 16 (google.de).
Jean Louis Cabanis: Uebersicht der Vögel Ost-Afrikas, welche von den Herren J. M. Hildebrandt und v. Kalckreuth gesammelt sind. In: Journal für Ornithologie (= 4). Band6, Nr.143, 1878, S.213–246 (biodiversitylibrary.org).
Edgar von Harold: Beschreibung neuer Coleopteren, vorzüglich aus den Sammlungen des Hern J. M. Hildebrandt in Ostafrika. In: Monatsberichte der Königlichen Preussische Akademie der Wissenschaften zu Berlin. 1878, S.210–222, Tafel (biodiversitylibrary.org).
Richard Bowdler Sharpe: Catalogue of the Birds in the British Museum. Band13. Order of the Trustees, London 1890 (biodiversitylibrary.org).
George Ernest Shelley: On Mr. E. Lort Phillips's Collection of Birds from Somali-land. In: The Ibis (= 5). Band3, 1885, S.389–418 (biodiversitylibrary.org).