Johann Philipp Kirnberger erhielt bereits in früher Kindheit Violin- und Clavierunterricht. Nach dem Besuch der Lateinschule in Coburg ging er zu Johann Peter Kellner nach Gräfenroda, um seine Musikkenntnisse zu vervollkommnen. Ein späterer Lehrer und Förderer war der Hoforganist Heinrich Nikolaus Gerber in Sondershausen.
Für das Jahr 1741 ist ein kurzer Aufenthalt Kirnbergers in Leipzig dokumentiert. Eine mögliche Lehre bei Johann Sebastian Bach ist umstritten und nicht belegbar. Nach einem kurzen Aufenthalt in Dresden begab er sich für einen längeren Zeitraum (1741 bis 1751) nach Polen, wo er in verschiedenen Positionen unter anderem als Cembalist und Kapellmeister tätig war.
Mitte der 1750er Jahre kehrte Kirnberger nach Deutschland zurück, um Unterricht im Violinspiel zu nehmen. Nach einer Anstellung als Geiger in der königlichen Kapelle in Potsdam schloss er sich später der Kapelle des Markgrafen Heinrich in Rheinsberg an. Bis zu seinem Tod nahm er daraufhin 1758 die Position als Lehrer für Komposition bei Anna Amalie von Preußen wahr und fungierte darüber hinaus als Kapellmeister und musikalischer Berater am Preußischen Hof. Während dieser Zeit entstand der Großteil seiner Kompositionen.
Seine Kammermusik besteht in erster Linie aus Flötensonaten und Triosonaten; eine Flötensonate in es-Moll ist wohl als Kirnbergers bedeutendstes Werk zu bezeichnen. Eine Gesamtausgabe der Flötensonaten und anderer Werke von Kirnberger erschien im Amadeus Verlag.
Kirnberger hat insgesamt drei temperierte Stimmungen konstruiert. Die ausgeglichenste, dritte Stimmung wird häufig als Kirnberger-Stimmung bezeichnet.
Durch Kirnbergers Sammeltätigkeit ist eine ganze Reihe von Werken Johann Sebastian Bachs überliefert – am bekanntesten ist die sogenannte Kirnberger-Sammlung mit den Choralbearbeitungen BWV 690–713.
Musicalischer Circul für das Clavier die Violin oder Flûte traversière, Sauerbrey, Berlin RISMID: 990033653
XII Minuets pour 2 violons, 2 hautbois, 2 flûtes allemandes, 2 corps [!] de chasse et la basse continue, Georg Ludwig Winter, Berlin, 1762 RISMID: 990033644
10 Triosonaten für Flöte/Violine, Violine und Basso continuo
Clavierübungen, mit der Bachischen Applicatur, in einer Folge von den leichtesten bis zu den schwersten Stücken, Friedrich Wilhelm Birnstiel, Berlin, 1761 RISMID: 990033660
Der allezeit fertige Polonoisen- und Menuettencomponist. Winter, Berlin 1757, (Digitalisat).
Die 112 musikalischen Artikel in: Johann Georg Sulzer: Allgemeine Theorie der Schönen Künste. Theil 1: A bis J. M. G. Weidemanns Erben und Reich, Leipzig 1771, (Digitalisat).
Friedrich Wilhelm Marpurg: Anmerkungen über das Allabreve des Herrn Kirnbergers. In: Friedrich Wilhelm Marpurg: Clavierstücke mit einem practischen Unterricht für Anfänger und Geübtere. Dritte Sammlung. Haude und Spener, Berlin 1763, S. 28–29.
Ruth Engelhardt: Untersuchungen über Einflüsse Johann Sebastian Bachs auf das theoretische und praktische Wirken seines Schülers Johann Philipp Kirnberger. Erlangen 1974, (Erlangen-Nürnberg, Universität, Dissertation, 1974).