Das Gymnasium wurde nach der Reichsgründung 1874 in Altroßgarten (Predigerstraße) eröffnet; doch erst 1879 wurde es in den neuen Gebäuden im Hintertragheim, an der Nordwestseite des Schlossteiches, feierlich eingeweiht. Die Aula wurde 1889 mit Gemälden bekannter Königsberger Maler geschmückt:
Philipp Melanchthon, der Schüler Reuchlins, und Desiderius Erasmus
Wilhelm von Humboldt in Beratung mit seinen Räten über die Reform des Gymnasiums
1901 hatte das Gymnasium 22 Lehrer und 533 Schüler. Nach 1918 nannte sich das Gymnasium „Wilhelms-Gymnasium“. Ende August 1944 wurde das Gebäude bei den Luftangriffen der Royal Air Force zerstört. 23. Januar 1945 wurden auf behördlicher Anordnung alle Schulen der Stadt geschlossen. Damit hörte das Wilhelms-Gymnasium auf zu bestehen. Weder das Gebäude noch die Schule haben den Zweiten Weltkrieg überdauert.
Reinhard Adam: Das Stadtgymnasium Altstadt-Kneiphof zu Königsberg (Pr.). 1304–1945. Aus der Geschichte der beiden ältesten Schulen des deutschen Ostens. Leer, Rautenberg 1977, ISBN 3-7921-0196-3.
Robert Albinus: Königsberg-Lexikon. Stadt und Umgebung. Flechsig, Würzburg 2002, ISBN 3-88189-441-1.
Richard Armstedt: Geschichte der königl. Haupt- und Residenzstadt Königsberg in Preußen. Hobbing & Büchle, Stuttgart 1899 (Deutsches Land und Leben in Einzelschilderungen. 2, Städtegeschichten), (Nachdruck: Melchior-Verlag, Wolfenbüttel 2006, ISBN 3-939102-70-9 (Historische Bibliothek)).
Wolfgang Kapp: Wilhelms-Gymnasium zu Königsberg i. Pr. 1874–1945. Eine Erinnerungsschrift. Leer 1958.
Fritz Gause: Die Geschichte der Stadt Königsberg in Preußen. 3 Bände. 2./3. ergänzte Auflage. Böhlau, Köln u. a. 1996, ISBN 3-412-08896-X.