Es gibt bislang keine generell akzeptierte Hypothese über die genetischen Beziehungen der Kalapuya-Sprachen zu anderen Sprachfamilien. Seit Sapir (1929)[3] werden sie in vielen Publikationen den Penuti-Sprachen zugerechnet. Campbell (1997) und Mithun (1999) betrachten die Penuti-Hypothese nicht als rigoros nachgewiesen, daher zählen sie die Kalapuya-Sprachen zu den isolierten Sprachfamilien.[4][5]