1953 wurde er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Philosophischen Institut der ČSAV, 1968 berief man ihn zum Professor an der philosophischen Fakultät in Prag. 1968 bis 1969 war er Mitglied des Zentralkomitees der KSČ, 1970 wurde er aus der Partei ausgeschlossen. Bis 1989 durfte er nur als Privatdozent tätig sein, seine Veröffentlichungen durften nur im Ausland publiziert werden. Kosík war eng mit der jugoslawischen losen Vereinigung von Intellektuellen, Philosophen und marxistischen Sozialwissenschaftlern Praxis-Gruppe verbunden. Er nahm regelmäßig an deren jährlichen „Sommerschule“-Treffen auf der Insel Korčula teil und war Herausgeber der Zeitschrift Praxis.
1990 kehrte er an die Universität zurück und hielt bis 1992 Vorlesungen. Danach arbeitete er im philosophischen Institut.
Kosík war stark beeinflusst durch Werke von Georg Wilhelm Friedrich Hegel, Karl Marx und Martin Heidegger. Er beschäftigte sich vornehmlich mit praktischen philosophischen Problemen und der Krise der modernen Gesellschaft, der tschechischen Geschichte, ihrer Philosophie und den diesbezüglichen politischen Ansichten sowie der Kultur seines Heimatlandes.
Hans Thiersch bezeichnete in seinem Ansatz der Lebensweltorientierung die erlebte alltägliche Lebenswelt in Anlehnung an Kosíks Konzept als „pseudokonkret“. In dieser Doppelbödigkeit des Alltags bestehe zugleich die Möglichkeit der Befreiung und Selbstrealisation des Subjekts aus diesen Zwängen.[1]
Neben zahlreichen Büchern und Sammlungen, schrieb er Artikel, die sich mit philosophischen Problemen auseinandersetzten. In seinen frühen Werken war er ein orthodoxer Marxist, in den 60er Jahren gehörte er zu den reformfreudigen Intellektuellen.
Dialektik des Konkreten. Eine Studie zur Problematik des Menschen und der Welt, 1970 (Dialektika konkrétního), 1963 (weltweit erschienen)
La nostra crisi attuale, 1969 Rom
Die Dialektik des Konkreten. Eine Studie zur Problematik des Menschen und der Welt., Suhrkamp, November 1967, 1982, 1997, 2016
Století Markéty Samsové, 1993
Jinoch a smrt, 1995 (dt. "Der Jüngling und der Tod", in: Tschechische Philosophen im 20. Jahrhundert, hg. v. Ludger Hagedorn, Stuttgart: dva 2002, 349–416)
Předpotopní úvahy, 1997
Poslední eseje, 2005
Ein 1973 sowie 1983 vom Verlag Suhrkamp angekündigter Band Kritik der technischen Vernunft ist nie erschienen.
J. V. Frič a demokratické proudy v české politice a kultuře, 1956
Filosofie v dějinách českého národa, 1958
Místo a význam radikálních demokratů, 1958;
Moral und Gesellschaft, Suhrkamp 1968
Třetí Mnichov? 1993
Úsměv a ústa, 1993
Rok 1968 a „konec dějin“, 1994
Essay in: Jaroslav Hašek: Der Urschwejk und anderes aus dem alten Europa und dem neuen Russland (Aus dem Tschechischen von Grete Reiner. Mit einem Nachwort von Hans Dieter Zimmermann). DVA, München 1999, ISBN 3-421-05231-X (Erschienen innerhalb der Tschechischen Bibliothek, herausgegeben von Peter Demetz, Jiří Gruša, Peter Kosta, Eckhard Thiele und Hans Dieter Zimmermann).
Kommunikation und Gerechtigkeit. I. Gerechtigkeit erst in einer freien Welt oder schon in der Postmoderne?, Materialis 2001
Hermeneutik des Subjekts II. Selbstreflexivität in Dussels Ethik, für einen neuen Austausch zwischen Marxismus, Phänomenologie und Hermeneutik und wider die zynische Vernunft, Materialis, 2002
Concordia – Internationale Zeitschrift für Philosophie, Taschenbuch / Sprache Deutsch, Englisch, Spanisch, 2003