mit Jonathan Kaplan: Making Sense of Evolution. The University of Chicago Press, 2006, ISBN 0-226-66837-1. (Philosophische Untersuchung der grundlegenden Konzepte der Evolutionstheorie)
Phenotypic Integration. Oxford University Press, 2003, ISBN 0-19-516043-6. (Sammlung technischer Essays über die Evolution komplexer biologischer Organe)
Denying Evolution: Creationism, Scientism, and the Nature of Science. Sinauer, 2002, ISBN 0-87893-659-9. (Buch über die Kontroverse Evolution - Schöpfung, besseren wissenschaftlichen Unterricht und die Schwierigkeiten der Leute, kritisch zu denken)
Phenotypic Plasticity. Johns Hopkins University Press, 2001, ISBN 0-8018-6788-6. (Technischer Band über die Forschung bezüglich „Erbe versus Umwelt“)
mit Carl Schlichting: Phenotypic Evolution. Sinauer, 1998, ISBN 0-87893-799-4. (Technischer Band über den derzeitigen Status und die Zukunftsaussichten der Evolutionstheorie)