Muscat ist seit 2001 mit Joseph Muscat verheiratet und hat 2007 geborene Zwillingstöchter.[1] 2018 wurde sie verdächtigt, über geheime Unternehmen Finanzgeschäfte abgewickelt zu haben.[2][3] Die im Oktober 2017 bei einem Attentat ermordete investigative Journalistin Daphne Caruana Galizia recherchierte in dieser Angelegenheit.[4]