Die Arbeit der Organisation ist Gegenstand von Kontroversen. Es wird ihr zuweilen vorgehalten, sie würde nicht alle Organisationen gleichermaßen kritisch untersuchen: rechte Organisationen würden ausgespart, während eher linke und regierungskritische Organisationen im Fokus von NGO Monitor seien.[9][10][11][12], die von NGO Monitor als einseitig und unprofessionell arbeitend denunziert würden. NGO Monitor versuche, sich in EU-Angelegenheiten einzumischen, um die EU-Mitgliedsländer daran zu hindern, Organisationen zu finanzieren, die NGO Monitor als antiisraelisch betrachte.[3] Der Europäische Gerichtshof bestätigte 2012 die Weigerung der EU-Kommission, an NGO-Monitor detaillierte Informationen über die Förderung von 16 Menschenrechtsorganisationen in Israel zu geben, weil diese Informationen aufgrund der instabilen Lage der Region besonders „sensibel“ seien und das Auskunftsbegehren keine rechtliche Grundlage habe.[13][14]
↑A. Rubin, Y. Sarfati, C.A. Akman, G. Erdeniz, L. Fishman, N. Golan-Nadir, I. Michaeli, S. Tepe: The Jarring Road to Democratic Inclusion: A Comparative Assessment of State–Society Engagements in Israel and Turkey. Lexington Books, 2016, ISBN 978-1-4985-2508-4, S.6 (google.com [abgerufen am 10. Dezember 2021]): „Right-wing organizations Im Tirzu and NGO Monitor ...“
↑Stephan Stetter: The Middle East and Globalization: Encounters and Horizons. Palgrave Macmillan US, 2012, ISBN 978-1-137-03176-1, S.206 (google.com [abgerufen am 10. Dezember 2021]): „Transnational NGOs usually do not become a conflict party and are less likely to be associated with one of the conflict parties-although, to pick but two examples, as the campaign of the right-wing NGO Monitor in Israel against the involvement of "external actors"“
↑ abRashid Khalidi: Brokers of Deceit: How the U.S. Has Undermined Peace in the Middle East. Beacon Press, 2013, ISBN 978-0-8070-4476-6 (google.com [abgerufen am 10. Dezember 2021]): „Several other right-wing Israeli NGOs follow the same approach, including NGO Monitor“
↑Marie-Violaine Louvet: Civil Society, Post-Colonialism and Transnational Solidarity: The Irish and the Middle East Conflict. Springer, 2016, ISBN 978-1-137-55109-2 (google.de [abgerufen am 15. November 2018]).
↑About. In: ngomonitor. (ngo-monitor.org [abgerufen am 28. Oktober 2018]).
↑Lisa Jordan, Peter van Tuijl: NGO Accountability: Politics, Principles and Innovations. Routledge, 2012, ISBN 978-1-136-56042-2 (google.de [abgerufen am 2. Januar 2019]).