Neal Morse wuchs in San Fernando (Los Angeles County) auf. Sein Vater war Lehrer und Chorleiter. Morse begann im Alter von fünf Jahren Klavier und kurze Zeit später Gitarre zu spielen. Zwischen seinem 20. und 30. Lebensjahr schrieb er zwei Musicals, hielt sich mit Nebenjobs über Wasser, nahm gemeinsam mit seinem Bruder Richard einige Countrymusik-Demos auf und versuchte, einen Vertrag als Singer-Songwriter in Los Angeles zu bekommen. Nach zehn Jahren zog er für einige Jahre nach Europa. Dort spielte er als Straßenmusiker und in kleineren Clubs.
Nach seiner Rückkehr in die USA gründete er 1992 mit seinem Bruder Alan und dem Schlagzeuger Nick D’Virgilio, den er bei einer öffentlichen Jamsession kennengelernt hatte, die Band Spock’s Beard. Hier wirkte er auf sechs Alben maßgeblich als Komponist und Texter und war zudem Sänger, Keyboarder und zweiter Gitarrist der Band. Der Erfolg des Projekts ermöglichte ihm, drei Soloalben zu veröffentlichen, auf denen er mit Singer-Songwriter- und Rock-Stücken die eingängigere Seite seines Schaffens präsentierte.
Als Verdienstquelle während der frühen Phase von Spock’s Beard betätigte er sich weiterhin als Barmusiker und spielte in europäischen und insbesondere deutschen Irish Pubs. 1997 erhielt er mit seinem Bandkollegen Dave Meros ein Engagement in Eric Burdons Tourband, das er jedoch 1999 zu Gunsten seiner Familie aufgab.
Im Jahr 2000 gründete Morse mit dem Schlagzeuger Mike Portnoy von Dream Theater die Band Transatlantic, eine sogenannte Supergroup, in der mit dem Schweden Roine Stolt von den Flower Kings und dem Briten Pete Trewavas von Marillion Mitglieder von vier Vertretern der neuen Strömungen des Progressive Rock vertreten waren. Hier trat er auf bisher drei Studioalben neben Stolt als Komponist und Texter hervor, es folgten mehrere Tourneen durch die USA und Europa. Transatlantic reformierten sich nach etwa siebenjähriger Pause und veröffentlichten das dritte Studioalbum The Whirlwind im Oktober 2009.
2002, kurz nach der Veröffentlichung des Spock’s-Beard-Albums Snow, verließ Morse beide Bands, nachdem der christliche Glauben eine zentralere Rolle in seinem Leben eingenommen hatte und er nun fühlte, dass Gott andere Pläne mit seinem Leben habe. Den Prozess, der zu diesem Entschluss führte, beschreibt er auf seinem autobiographischen Soloalbum Testimony sowie in seiner 2011 erschienenen Autobiographie gleichen Namens. Neben einem kürzeren Gastauftritt von Kerry Livgren von Kansas betätigte sich Mike Portnoy bei den Aufnahmen als Schlagzeuger, der seitdem regelmäßiger Gast auf Morses Studioalben ist. Morse spielte daraufhin bei den zwei Auftritten von Portnoys Beatles-Coverband Yellow Matter Custard mit.
Auf Morses zweitem christlich geprägten Album One, welches am 2. November 2004 erschien, konnte sich der Bassist Randy George als regelmäßiges Mitglied seiner Studio-Band etablieren. Das Konzeptalbum beschreibt die Beziehung zwischen der Menschheit und Gott aus christlicher Perspektive und zieht dabei Parallelen zum biblischen Gleichnis des verlorenen Sohns.
Ende Oktober 2005 erschien ? (Question Mark), auf dem mehrere Größen aus dem Umfeld des Progressive Rock mitwirkten: Neben Mike Portnoy, Randy George und seinen ehemaligen Weggefährten Alan Morse und Roine Stolt sind der frühere Genesis-Gitarrist Steve Hackett und Dream-Theater-Keyboarder Jordan Rudess vertreten. Sein Pastor Mark Leniger trägt einige Saxophon-Parts bei. Erneut handelt es sich um ein Konzeptalbum, das diesmal auf der biblischen Geschichte des Tabernakels basiert.
Seit dem 23. Februar 2007 ist Sola Scriptura (Allein die Schrift) auf dem Markt. Auf dem Album legt Morse seine Ansichten zu richtigen und falschen Glaubensgrundsätzen der Konfessionen des Christentums dar und geht dabei auf das Wirken und Leben des Reformators Martin Luther ein. Als Gastmusiker betätigte sich der Gitarrist Paul Gilbert, bekannt von den Bands Racer X und Mr. Big, mit mehreren Gitarrensoli.
Neben diesen Konzeptalben im Stil des Progressive Rock, die weiterhin im Mittelpunkt seines Schaffens stehen, hat Morse einige weitere CDs mit christlichen Texten veröffentlicht. In der Reihe Worship Sessions präsentiert er Lobpreis- und Gospel-Stücke, während auf God Won’t Give Up geradlinige Rockmusik dominiert. Die Songs from the Highway sind im Stile der Musik Bob Dylans auf Gesang und Akustikgitarre reduziert. Seit Anfang 2005 betreibt er einen kostenpflichtigen Fanclub mit Namen Inner Circle, deren Mitglieder er in Form von CDs, Briefen und DVDs in regelmäßigen Abständen über sein Wirken informiert.
Morse tritt nach wie vor regelmäßig in den USA und Europa auf. Dabei kommt es sowohl zu akustisch gehaltenen Lobpreis-Abenden (worship concerts) in Kirchen und Gemeindezentren als auch zu Auftritten in Konzerthallen, bei denen er von einer vollständigen Band begleitet wird. Die Lobpreis-Abende sind dabei im Stil der Gottesdienste der von ihm besuchten Pfingstgemeinde insbesondere auf die spirituelle Erfahrung des Heiligen Geistes ausgerichtet.
Neal Morse In The 80’s (& Neal Morse Band, Suzanne Christan, Casanova, Five Figures, Burlesque, Too Much) (Eigenproduktion, 2006)
Send the Fire (Worship Sessions Volume 2) (Radiant Records, 2006)
Cover to Cover (als Neal Morse, Mike Portnoy, Randy George, 2006)
Let’s Polka! With Neal „Shmenge“ Morse! Plus Merry Christmas (& Schmenge Morse, Richard Morse) (Eigenproduktion, 2006)
Whispers In The Wind – Acoustic Improvisations On Piano And Guitar – Inner Circle (2006)
Acoustic Sunrise (Eigenproduktion, 2007)
Homeland (1990, Radiant Records, 2007)
One Demos (und als The One Demos veröffentlicht) (Radiant Records und Belle Antique, 2007)
Songs from the Highway (Radiant Records, 2007)
Sola Scriptura (2007)
With A Little Help From My Friends (Radiant Records, 2007)
From The Inner Circle – Inner Circle (Radiant Records, 2008)
Lifeline (2008)
Secret Place (Worship Sessions Volume 3) (Radiant Records, 2008)
Starless And Other Stuff (& Transatlantic) (Radiant Records, 2008)
Excerpts From Jesus Christ · The Exorcist – A Musical By Neal Morse – Inner Circle (auch als A Sampling Of Neal Morse’s Musical „Jesus Christ The Exorcist“ veröffentlicht; Eigenproduktion, 2009)
Two Separate Gorillas – Live In Europe – The From The Vaults Series Volume 2 (Nick ’n Neal – Nick D’Virgilio & Neal Morse und Dream Theater, Mike Portnoy) (Radiant Records, 2000)
Testimony Live (DVD, 2004)
Inner Circle CD #3 September 2005 Live In Berlin Part 1 (auch als Live In Berlin veröffentlicht) (Eigenproduktion, 2005)
? Live (2007)
Inner Circle – Encores And New Songs (Radiant Records, 2007)
Inner Circle – Demos and Live Stuff (Eigenproduktion, 2008)
Live at The Downey Theater (Sept. 6, 2008) – Authorized Bootleg (2008)
Live Scriptura (Radiant Records, 2008)
So Many Roads – Live In Europe (2009)
Live at All Saints (Eigenproduktion, 2010)
Testimony Two – Live In Los Angeles (Radiant Records, 2010)
Testimony 1 – Set 1 – Live at The Whittier Theater · Whittier California – November 23 · 2003 (Radiant Records, 2011)
Testimony 1 – Set 2&3 – Live at The Whittier Theater · Whittier California – November 23 · 2003 (Radiant Records, 2011)
Live Momentum (2013)
Momentum L.A. Live – Inner Circle (Radiant Records, 2013)
Acoustic Sketches – A Collection Of Acoustic Songs From The Alive Again Tour – Inner Circle (Radiant Records, 2015)
Inner Circle Concert – Morsefest 2014 – Inner Circle (Radiant Records, 2015)
Morsefest! 2014: Testimony and One Live (Radiant Records, 2015)
Alive Again (2016)
Live at Kulturbolaget (The Neal Morse Band) (2017)
Morsefest! 2015: ? and Sola Scriptura Live (Radiant Records, 2017)
The Road Called Barcelona (The Neal Morse Band) (2017)
Inner Circle DVD #1 July 2005 (Eigenproduktion, 2005)
Live DVD – Live at The Kings Center Chessington, London July 8, 2006 (auch als Bootleg DVD – Live at The Kings Center Chessington, London July 8, 2006 bekannt) (Radiant Records, 2006)
Question Mark & Beyond Tour Of Europe 2006 (Radiant Records, 2006)
The Europe Winter 2006 Church Tour DVD (Eigenproduktion, 2006)
The Making Of Testimony (Rough Edit) – Inner Circle (Eigenproduktion, 2007)
From The Video Vault – Inner Circle (Eigenproduktion, 2008)
Live @ 3RP – Inner Circle (auch als Live at 3RP (IC September 2008) bekannt) (Eigenproduktion, 2008)
Sola Scriptura And Beyond (2008)
Lifeline Tour 2008 Zeche Bochum Germany Part One – Inner Circle (Radiant Records, 2009)
Lifeline Tour 2008 Zeche Bochum Germany Part Two – Inner Circle (Radiant Records, 2009)
Live at Xnoizz Flevo Festival 2009 – Raw And Uncut – Inner Circle DVD November 2009 (Eigenproduktion, 2009)
Live & Acoustic (Radiant Records, 2010)
Live In Seattle (& Ajalon) (Radiant Records, 2010)