Die Liga wurde 1906 gegründet und war anfänglich erfolgreich, wobei Mannschaften von der rivalisierenden Northern Football Alliance absprangen, um dort zu spielen. Obwohl einige Mitglieder (wie z. B. Darlington) 1921 zur Football League Third Division North wechselten, absorbierte die North Eastern League 1925/26 die Northern Alliance und spaltete sich in zwei Divisionen. Die Liga verbrachte neun Jahre auf diese Weise und kehrte 1935 zu einer Division zurück; Klubs aus der zweiten Division bildeten die Northern Football Alliance neu, die zu einem Zubringer für die Liga wurde.
Im Laufe der Jahre schrumpfte die Zahl der Vereine, und die Liga fiel 1958 nach dem Rückzug der Reservemannschaften der Klubs der Football League erstmals auseinander. Die verbleibenden Mitglieder wechselten zunächst in die Midland Football League, bevor 1960 die Northern Counties League gegründet wurde. Die Northern Counties League wurde 1962/63 in North Eastern League umbenannt, wurde aber 1964 endgültig beendet.