Als Wirtschaftsinformatiker befasst sich Günther in seinen Forschungsarbeiten mit der Wirtschaftlichkeit von Informationstechnik, beispielsweise im Kontext von RFID-Anwendungen, mit IT-Strategie, Unternehmenssoftware sowie Datenschutz und Sicherheit. Professor Günther leitete zahlreiche Drittmittelprojekte unter Förderung des BMBF, des BMWi und der DFG. Von 1996 bis 2006 war er Sprecher des Berlin-Brandenburger Graduiertenkollegs „Verteilte Informationssysteme“ (DFG GRK 316). Im Auftrag des Bundesministeriums des Innern koordinierte er von 2009 bis 2014 den Aufbau einer integrierten Geschäftsprozessbibliothek für die deutsche Verwaltung.
Im Laufe seiner wissenschaftlichen Laufbahn war er Gastprofessor an der European School of Management and Technology in Berlin, der École Nationale Supérieure des Télécommunications und dem Pôle universitaire Léonard-de-Vinci in Paris, der University of California at Berkeley und der University of Cape Town. Nebenamtlich ist Günther IT-Strategieberater und war an mehreren Unternehmensgründungen beteiligt, u. a. als Aufsichtsratsvorsitzender des Berliner Voice-Over-IT-Anbieters Poptel AG (1998/99) und CTO des San-Francisco-basierten Cloud-Anbieters TeamToolz (2000/01).
Als Günther 2023 nicht nur den Überfall der Hamas auf Israel verurteilte[2], sondern auch die israelische Siedlungspolitik kritisierte[3], wies Brandenburgs Ministerpräsident Dietmar Woidke solche Relativierungen öffentlich zurück.[4] Die Thematik wurde in einem späteren ZEIT-Artikel[5] von Günther und dem Präsidenten der University of Haifa, Gur Alroey, noch einmal aufgegriffen.
In der andauernden Diskussion um Reformen des Wissenschaftszeitvertragsgesetzes (WissZeitVG) und befristete Beschäftigungen an Universitäten merkte Günther im Falle von Entfristungen Mehrkosten von mehreren Milliarden Euro an, es sei denn, es würden existierende Promotions- und Postdocstellen zu Dauerstellen konvertiert.[6] Dies löste Widerspruch aus.[7]
mit S. Evdokimov und M. Fischmann: Provable Security for Outsourcing Database Operations. In: International Journal of Information Security and Privacy, 4(1), 2010.
mit B. Fabian: Security Challenges of the EPC Network. In: Communications of the ACM 52(7), 2009.
mit W. Kletti und U. Kubach: RFID in manufacturing. Springer, Berlin 2008. ISBN 978-3-540-76453-3.
mit S. Spiekermann: RFID and the Perception of Control: The Consumer’s View. In: Communications of the ACM 48(9):73-76, 2005.
mit B. Berendt und S. Spiekermann: Privacy in E-Commerce: Stated Preferences vs. Actual Behavior. In: Communications of the ACM 48(4):101-106, 2005.
mit V. Gaede: Multidimensional Access Methods. ACM Computing Surveys 30(2), 1998.
Environmental information systems. Springer, Berlin 1998. ISBN 3-540-60926-1.
als Herausgeber: Umweltanwendungen geographischer Informationssysteme. Wichmann, Karlsruhe 1992. ISBN 3-87907-259-0.
↑Alan Posener: BLAMAGE IN BRANDENBURG. Ein Universitätspräsident demontiert sich. In: DIE WELT. 20. Oktober 2023 (welt.de).
↑Gur Alroey, Oliver Günther: Nahostkonflikt an Universitäten: Hochschulen fördern die Versöhnung. In: Die Zeit. 24. April 2024, ISSN0044-2070 (zeit.de [abgerufen am 11. Mai 2024]).