Petr Eben verbrachte seine Jugend in Český Krumlov. Dort studierte er Klavier, später auch Violoncello und Orgel. Mit zehn Jahren begleitete er bereits die Messen in der St.-Veit-Kirche auf der Orgel. Die Mutter war Katholikin. Der Vater jüdischer Herkunft war Schulinspektor an einer deutschen Grundschule.
Die zunächst behütete Kindheit zerbrach mit der deutschen Besetzung 1938, zunächst mit Schikanen, später mit Zwangsarbeit auf dem Bau und im Steinbruch. Die Großmutter wurde im Alter von über 80 Jahren ins KZ Theresienstadt verschleppt, wo sie, wie der Großteil der Familie des Vaters, umkam. 1944 wurde auch der Vater deportiert. Petr und sein Bruder Bedřich wurden 1945 ins KZ Buchenwald deportiert. Alle drei konnten überleben. 1948 wurde Petr Eben in die Prager Akademie der musischen Künste aufgenommen, wo er Klavier bei František Rauch und Komposition bei Pavel Bořkovec studierte.
1955 bekam er einen Lehrauftrag am Musikhistorischen Institut der Karls-Universität Prag. 1978–1979 hatte er einen Lehrauftrag für Komposition am Royal Northern College of Music in Manchester. Auch die Jahrzehnte bis 1989 waren für Petr Eben keine leichten Jahre. Ein Großteil seiner Uraufführungen fand im Ausland statt. Erst 1990 wurde er Professor für Komposition an der Prager Akademie der musischen Künste und Präsident des Prager Frühlings-Festivals. Das 1991 uraufgeführte Prager Te Deum 1989 gilt als Dank für die neu gewonnene Freiheit durch die Samtene Revolution. Als Künstler war er auch mit eigenen Aufführungen aktiv, besonders als improvisierender Pianist und Organist, doch der Schwerpunkt seines Schaffens lag stets beim Komponieren.
Petr Eben schrieb eine Vielzahl unterschiedlicher Werke verschiedener Genres, so etwa das Oratorium Apologia Socratus, das Ballett Fluch und Segen (Kletby a dobrořečení), komponiert für das Holland Festival 1983), die symphonischen Orchesterwerke Nachtstunden (Noční hodiny) und Prager Nocturne (Pražské nokturno, für die Internationale Stiftung Mozarteum in Salzburg, das 2. Orgelkonzert für die Einweihung der neuen Orgel des Wiener Funkhauses,[1] die Messe Missa cum populo für das Festival von Avignon, das Oratorium Heilige Symbole (Posvatna znameni) für die Salzburger Kathedrale, sowie die Kirchenoper Jeremias, deren Uraufführung in der deutschsprachigen Übersetzung für das Festival Mitte Europa im Jahr 2000 in Chemnitz stattfand.
Die meisten Werke von Eben wurden beim tschechischen Label Supraphon veröffentlicht. Der norwegische Organist Halgier Schiager veröffentlichte fünf CDs mit Ebens Orgelmusik beim Label Hyperion. In Zusammenarbeit mit dem Komponisten wurde das Gesamtwerk für Orgel solo vom deutschen Organisten Gunther Rost beim Label Motette herausgebracht. Als Rezitator der beiden Zyklen Hiob und Das Labyrinth der Welt und das Paradies des Herzens fungiert Gert Westphal. Beim Label OehmsClassics veröffentlichte Gunther Rost die beiden Konzerte für Orgel und Orchester mit den Bamberger Symphonikern unter der Leitung von Gabriel Feltz, Okna (Fenster) für Orgel und Trompete mit Tine Thing Helseth und Landschaften von Pathmos für Orgel und Schlagzeug mit Babette Haag.
In der Serie „The King of Instruments“ (Priory Records) spielte die englische Organistin Gillian Weir das Moto Ostinato aus Ebens Sonntagsmusik. Vereinzelt sind auch Aufnahmen erhalten, in denen der Komponist seine eigenen Orgelwerke oder improvisatorische Frühfassungen derselben spielt.
Michael Heinemann: Zur Orgelmusik Petr Ebens. Mit Beiträgen von Birger Petersen und Ludger Udolph (Studien zur Orgelmusik, Band 8). Musikverlag Dr. J. Butz, Bonn 2019. Enthält auch Werkkommentare Ebens.
Rainer Mohrs: Hellsichtigkeit des Denkens. Petr Ebens Kantate „Cusanus-Meditation“ uraufgeführt. In: Musica sacra 121, 2003, S. 16–17.
Kateřina Vondrovicová: Eben, Petr. In: Ludwig Finscher (Hrsg.): Die Musik in Geschichte und Gegenwart (MGG). Band6. Bärenreiter Verlag, 2001, Sp.9–13.
Kateřina Vondrovicová: Petr Eben. Leben und Werk. Schott Mainz u. a., 2000, ISBN 3-7957-0378-6 (mit Werkverzeichnis).
Graham Melville-Mason (Hrsg.): A Tribute to Petr Eben. To mark his 70th Birthday Year (= The Dvořák Society Occasional publications 2). Dvořák Society, Burnham-on-Crouch 2000, ISBN 0-9532769-1-0 (mit Diskographie).
Janette Fishell: The Organ Music of Petr Eben. University Microfilms International, Ann Arbor MI 1988 (Northwest Univ. IL, Diss., 1988).