Johanns Vater war Kurfürst Ruprecht III. von der Pfalz. Als dieser 1410 starb, vererbte er seinen vier noch lebenden Söhnen eigene Territorien, wo diese eigenen Linien der pfälzischen Wittelsbacher begründeten. Der Älteste, Ludwig III., erhielt die Kurpfalz mit der Hauptstadt Heidelberg und begründete die Kurlinie. Johann erhielt Pfalz-Neumarkt mit der Hauptstadt Neumarkt in der Oberpfalz, Stefan erhielt Pfalz-Zweibrücken und Otto I.Pfalz-Mosbach.
Johann hinterließ bei seinem Tod 1443 Pfalz-Neumarkt seinem Sohn Christoph von Pfalz-Neumarkt, der nach der Absetzung seines Onkels Erik VII. 1439 zum König von Dänemark, Schweden und Norwegen (Kalmarer Union) aufgestiegen war. Mit Christophs kinderlosem Tod erlosch 1448 die Wittelsbacher Linie Pfalz-Neumarkt. Das Territorium Pfalz-Neumarkt fiel an Christophs Onkel Otto I. von Pfalz-Mosbach, der es mit seinem Territorium Pfalz-Mosbach zur Pfalzgrafschaft Pfalz-Mosbach-Neumarkt verschmolz, nachdem der Miterbe Stefan von Pfalz-Simmern-Zweibrücken (reg. 1410–1453) seinen Erbanteil am Herzogtum im Juni 1448 um 96.000 rheinische Gulden an Otto verkauft hatte.[1]
Der Herrschaftsbereich von Johann von Pfalz-Neumarkt reichte von der böhmischen Grenze bis an die Tore der Reichsstadt Nürnberg und von der Cham-Further Senke bis in die Fränkische Schweiz und war sehr heterogen und zersplittert. Insbesondere wurde es durch das etwa in der Mitte liegende Kurpräcipuum zertrennt. Einen groben Überblick über sein Territorium gibt der pfälzische Teilungsbrief vom 3. Oktober 1410:[2]
Wilhelm Volkert: Die pfälzischen Nebenlinien seit dem 15. Jahrhundert. In: Andreas Kraus (Hrsg.): Handbuch der bayerischen Geschichte. 3. Auflage. BandIII/3. C. H. Beck, München 1995, ISBN 3-406-39453-1, S.111–124, insbesondere S. 111–115.
Christian Häutle: Die Oberpfalz und ihre Regenten in den Jahren 1404 bis 1448. In: Verhandlungen des Historischen Vereins für Oberpfalz und Regensburg. Band27. Regensburg 1867, S.1–124. (Digitalisat).