Die Schneidheimer Sechta entspringt nordwestlich von Tannhausen, das sie bald in südöstlichem Lauf erreicht. Sie fließt von da in südlicher Richtung durch Oberschneidheim, Unterschneidheim und Oberdorf. In Bopfingen mündet die Schneidheimer Sechta von links in die hier selbst erst 5,3 km[2] lange Eger.
Im obersten Abschnitt bis Tannhausen läuft die Sechta in einer sehr flachen Mulde, ab Tannhausen in einem wenig eingetieften Tal. Ab Unterschneidheim weitet es sich zu einer breiten, flachen Mulde. Erst im untersten Talabschnitt wird sein Rand mit dem seinen Grund um rund 200 m überragenden Ipf erstmals steil, einem Zeugenberg der Schwäbischen Alb, den die Sechta vom merklich niedrigeren Albvorland um Lauchheim-Röttingen und Schloss Baldern in seinem Westen trennt.
Ans Ufer der Sechta tritt kaum irgendwo Wald. Fälschlicherweise wird die Schneidheimer Sechta oft als Oberlauf der Eger angesehen.
Das Gewässer wurde im Jahr 1298 („apud fluvium Sehtan“) zum ersten Mal urkundlich erwähnt. Vermutlich leitet sich der Name vom germanischen Verb *seihw- „gießen“ (hieraus ahd.sīhan „seihen“) ab.[3]