Einem Goldenen Steig in Richtung Böhmen verdankt der Markt Waldkirchen seine Entstehung, die wohl an die Jahrtausendwende zurückreicht. Eine Reiseabrechnung von 1203 eines Pfarrers in oder von einer „Kirche im Wald“ lässt erstmals auf Waldkirchen schließen. Der Überlieferung nach erhielt Waldkirchen 1285 das Marktrecht.
Der Passauer Fürstbischof Bernhard von Prambach bestätigte im Jahr 1300 das Marktrecht, die alleinige Salzniederlage im Passauer Abteiland und den Straßenzwang, doch gelang es den Waldkirchnern später nicht, die Rechte für den damals einträglichen Salzhandel zu verteidigen.[5][6] Das Marktrecht galt bis 1806.
1458 wurde Waldkirchen vom böhmischen Heer unter Kaplirz de Sulewicz mit einer Brandschatzung bedroht. Der Passauer Bischof Ulrich von Nußdorf ließ daraufhin um 1460 eine Ringmauer mit zehn Türmen und zwei Torbauten errichten. Auf der ältesten Ansicht von Waldkirchen aus dem Jahr 1720 von Joseph Haas ist die Mauer noch vollständig vorhanden, einige Reste der Befestigung sind bis heute erhalten, andere Teile wurden zum großen Teil zur Aufwertung des Tourismus rekonstruiert.
Der Ort wurde 1803 mit dem größten Teil des Hochstiftsgebietes zugunsten des Großherzogs Ferdinand von Toskana säkularisiert und fiel erst 1805 an Bayern. Im Zuge der Verwaltungsreformen in Bayern entstand mit dem Gemeindeedikt von 1818 die heutige Gemeinde.
In seiner Geschichte suchten 1492 bis 1945 sechs verheerende Brände Waldkirchen heim. Der Brand von 1862 vernichtete 140 Häuser. Der letzte Brand ereignete sich nach Beschuss durch amerikanische Truppen in den letzten Kriegstagen am 26. April 1945. Dabei wurden acht Menschen getötet, 48 Wohnhäuser und die Kirche zerstört sowie 120 Familien obdachlos.
88 % der Einwohner sind römisch-katholisch, weitere 6 % evangelisch, 0,3 % altkatholisch, der Rest bekennt sich zu anderen Religionsgemeinschaften oder gehört keiner Glaubensgemeinschaft an. Im Umkreis der Stadt gibt es neben den Kirchen der verschiedenen Pfarreien auch noch zahlreiche Flurkapellen, Bildstöcke und Wegkreuze.
Blasonierung: „In Blau auf grünem Boden in Seitenansicht eine silberne Kirche mit grün gedecktem Zwiebelturm und rotem Dach; rechts davor stehend ein grüner Nadelbaum.“[12]
Die Gemeinde ist Mitglied der im April 2011 von 11 Kommunen gegründeten Arbeitsgemeinschaft „Integrierte Ländliche Entwicklung Abteiland“ (ILE Abteiland), deren Motto es ist, den Natur-, Kultur- und Wirtschaftsraum Abteiland als lebenswerte Heimat zu erhalten und zu gestalten.[14]
Stadtpfarrkirche St. Peter und Paul, errichtet von 1857 bis 1861 nach Plänen von Leonhard Schmidtner. Der als „Dom des Bayerischen Waldes“ bezeichnete dreischiffige neugotische Pfeilerbau wurde im Zweiten Weltkrieg schwer beschädigt und danach wiederhergestellt.
Nebenkirche St. Karl Borromäus (Karoli-Kapelle), um 1665 erbaut, 1756 umgestaltet. Die Ausstattung ist barock, auf den restaurierten Deckenfresken wird die Vita des hl. Karl Borromäus dargestellt.
Die evangelisch-lutherische Erlöserkirche wurde 1955 in der Nähe der Stadtpfarrkirche erbaut.
Der historische Marktplatz mit seinen mittelalterlichen Hausfassaden und den steinernen Radabweisern ist die geeignete Kulisse für Feste aller Art
Die Aussegnungshalle in Waldkirchen am Friedhof ist eine Stätte des Abschied und der Trauer.
Das Bodendenkmal Goldener Steig Waldkirchen erinnert an das 1000-jährige Jubiläum des Goldenen Steigs.
Die Zwieselholzkapelle aus dem Jahr 1830 steht am Fuß des Karoliberges.
Entlang des „Grüß-Gott“-Weges befinden sich viele Sehenswürdigkeiten wie die Gedenksäule für Maria Schmid, das Normanndenkmal und das Mahnmal der Jagdgenossenschaft Waldkirchen/Oberfrauenwald.
An der nördlichen Seite des sog. Saußwalds, hoch über der Saußbachklamm befindet sich auf einer Steinsäule das Bildnis der „Maria vom Guten Rat“.
Stadtpark48.729589213.6063458. Vom 29. Juni bis 2. September 2007 war Waldkirchen Ausrichter der Gartenschau „Natur in Waldkirchen“. Die Veranstaltung wurde zur bisher erfolgreichsten „kleinen“ Landesgartenschau Bayerns seit Bestehen der Veranstaltungsreihe.
Im September 1973 erfolgte in Waldkirchen-Dorn der erste Spatenstich zur ersten öffentlichen Golfanlage der Bundesrepublik. Im Herbst 1975 konnte die etwa 3 Kilometer östlich von Waldkirchen gelegene 9-Loch-Anlage mit einer Fläche von über 25 Hektar eröffnet werden. 1997 und 1998 wurde der Platz nach den Plänen des Architekten Keith Preston um die 18-Loch-Turnieranlage in Poppenreut erweitert, so dass jetzt eine etwa 90 Hektar umfassende Anlage vorhanden ist.
2,5 Kilometer östlich von Waldkirchen liegt der Kurpark Erlauzwieseler See. Dort befinden sich ein Kurpavillon mit Seebühne sowie weitere Sehenswürdigkeiten. Im See sind verschiedene Arten von Wassersport möglich.
Der Kletterwald Waldkirchen wird von Einheimischen und Touristen gerne besucht.
großer Bewegungsparcours (seit 2014) am Kurpark Erlauzwieseler See
Kneipp-Anlage am See
Gäste- und Bürgerhaus mit Veranstaltungssaal und Konferenzräumen für Tagungen
Karoli-Badepark mit Hallenbad, Sauna, Freibad, 100 Meter Rutsche und Mediterraneum
Eishalle am Karoli Berg
Diskothek Lobo
Stadtpark mit neu errichteter Stadtparkbühne im Jahre 2016
Der ESV Waldkirchen[15] ist ein Eishockeyverein (die Karoli Crocodiles), der 1999 anstelle der aufgelösten Eishockeyabteilung des TSV Waldkirchen den Spielbetrieb aufnahm, und gehört unter den Sportvereinen zu den Aushängeschildern der Stadt. Er nimmt am Spielbetrieb des BEV teil, wobei er seine Heimspiele in der Eissporthalle Karoli austrägt. Ab der Saison 2018/19 spielen die Crocodiles in der Bayerischen Landesliga (5. Liga).
Den größten Erfolg der Vereinsgeschichte[16] erreichte der ESV 2011 nach der Bayerischen Landesliga-Vizemeisterschaft, als er sich für die viertklassige Regionalliga (BYL) qualifizierte. Der ESVW konnte sein Aufstiegsrecht nicht wahrnehmen und spielte deshalb in der Folgesaison weiter in der BLL. Weitere Erfolge waren die viermalige Meisterschaft der Bayerischen-Bezirksliga Ost bzw. Nord und die zweimalige Meisterschaft der Bayerischen-Landesliga Ost 1995 und N/O 2011.[17]
Der TSV Waldkirchen umfasst mehrere aktive Abteilungen, z. B. für Fußball oder Volleyball. Die Gewichtheber des TSV gewannen 2020 die Bayernliga und stiegen in die 2. Bundesliga auf.[18]
Nachdem die Bahnstrecke Passau–Freyung vom August 2002 an nicht mehr befahrbar war, wurde sie am 1. April 2005 stillgelegt. Diese Stilllegung dauerte bis August 2009, als die Ilztalbahn GmbH, unterstützt durch den Förderverein Ilztalbahn e. V., mit der Reaktivierung der Strecke begann. Seit dem 12. September 2010 ist die Teilstrecke Waldkirchen–Freyung wieder in Betrieb, und seit dem 16. Juli 2011 ist auch der Abschnitt Waldkirchen–Passau für den öffentlichen Verkehr freigegeben. Seitdem wird im Rahmen des Freizeitverkehrsprojektes Donau-Ilz-Moldau wieder an Samstagen, Sonntagen und Feiertagen im Sommerhalbjahr und zu Sonderfahrten ganzjährig Zugverkehr durchgeführt.
Daneben hat Waldkirchen einen Busbahnhof unweit des Ortskerns. Hier fahren die Stadtbuslinien sowie die Busse der RBO, die die Stadt an das Nahverkehrssystem des bayerischen Waldes anschließen.
Heinrich Schmidhuber (1936–2023), ehem. Bürgermeister, Landtagsabgeordneter, Präsident des bayer. Sparkassen- und Giroverbandes, DFB Schatzmeister, Ehrenbürger