Seit der Habilitation liegt der Schwerpunkt seiner wissenschaftlichen Tätigkeit auf der Geschichte der Konzilien. So ist Brandmüller Mitbegründer und Herausgeber der Zeitschrift Annuarium Historiae Conciliorum (Paderborn, seit 1969, mit einigen Supplementen) und der Serie Konziliengeschichte (2 Reihen, seit 1979, bislang 37 Bände). Auch die ihm gewidmete Festschrift steht unter diesem Titel. Daneben gab er das Handbuch der bayerischen Kirchengeschichte (St. Ottilien, 1991–1999, 3 Bände) heraus.
Er war ab 1981 Mitglied der Päpstlichen Kommission der historischen Wissenschaften, ab 1998 Präsident des Päpstlichen Komitees für Geschichtswissenschaft in Rom und von 1998 bis 2006 Präsident der Internationalen Kommission für vergleichende Kirchengeschichte.
Aufgrund seines Alters – Brandmüller war zum Zeitpunkt seiner Kreierung zum Kardinal schon älter als 80 Jahre – war er beim Konklave 2013 nicht wahlberechtigt.
Am 19. September 2016 wandte sich Kardinal Brandmüller gemeinsam mit den Kardinälen Raymond Leo Burke, Carlo Caffarra und Joachim Meisner in dem Schreiben Klarheit suchen: eine Bitte, die Knoten in ‚Amoris Laetitia‘ zu lösen an Papst Franziskus und die Kongregation für die Glaubenslehre. Das aus Sorge um das „wahre Wohl der Seelen, das höchste Gesetz der Kirche“ entstandene Schreiben in lateinischer Sprache enthält fünf Dubia („Zweifel“) mit dem Wunsch nach Klarstellungen zum kontroversen achten Kapitel des päpstlichen Schreibens Amoris laetitia, insbesondere zur Frage der Zulassung wiederverheirateter Geschiedener zur heiligen Kommunion. Das Formulieren solcher Dubia, die nur mit „Ja“ oder „Nein“ beantwortet werden können, ist ein gebräuchliches kirchliches Mittel, das in Bezug auf theologische Fragen seit Jahrhunderten von Bischöfen genutzt wird. Am 14. November 2016 machten die Kardinäle das Schreiben öffentlich, da der Papst nicht geantwortet habe, was als Einladung zum Diskurs verstanden worden sei.[8] Ende November 2016 erhob der Dekan der Römischen Rota, Pio Vito Pinto, Vorwürfe gegen die vier Kardinäle, die „einen schwerwiegenden Skandal erregt“ hätten.[9][10]
Im September 2018 antwortete der emeritierte Papst Benedikt XVI. auf ein Schreiben, in dem die Schaffung des Amtes eines Papa emeritus (Papst im Ruhestand) durch den Amtsverzicht des Papstes 2013 kritisiert wurde. Der Brief wurde von der New York Times Walter Brandmüller zugeschrieben. Papst emeritus Benedikt machte deutlich, dass er diese Kritik als eine an seinem Pontifikat als Ganzem empfinde; das gesamte Pontifikat werde „entwertet und in die Trauer über die Situation der Kirche von heute eingeschmolzen“.[11]
Am 19. November 2011 nahm Brandmüller bei einer Priesterweihe in Bettbrunn zu einigen Fragen der Predigt Stellung. Eine Predigt müsse mit der Lehre der Kirche übereinstimmen, dann hätten die Zuhörer die „Pflicht“, sie bereitwillig und mit Ehrfurcht anzuhören. Eine Predigt erfordere das „lebenslange Studium der Heiligen Schrift“. Die Predigtvollmacht sei unauflöslich an die Weihe gebunden. Nur Bischof, Priester, Diakon dürften und könnten „im Namen und in der Vollmacht Jesu Christi das Evangelium verkündigen“. Folglich sei die sogenannte Laienpredigt illegitim.[13]
Walter Brandmüller bewertete Anfang Januar 2019 in einem Interview mit der Deutschen Presse-Agentur die Empörung über den Missbrauchsskandal in der katholischen Kirche auf Basis der Daten der MHG-Studie als Heuchelei: „Da benimmt sich die Gesellschaft ziemlich heuchlerisch. […] Was in der Kirche an Missbrauch passiert ist, ist nichts anderes, als was in der Gesellschaft überhaupt geschieht.“ Man solle auch nicht verschweigen, dass 80 Prozent der Missbrauchsfälle im kirchlichen Umfeld männliche Jugendliche betrafen, nicht Kinder.[14]
Er kritisiert den Synodalen Weg der Kirche in Deutschland, dem er eine „Los-von-Rom“-Absicht unterstellt; in den Beratungen fehlten „genuin katholische Themen“, was für ihn eine „Los-auch-vom-katholischen-Glauben“-Haltung bedeute. Bischöfen warf er die Missachtung des kirchlichen Rechts, der Glaubens- und Sittenlehre vor.[15]
Ernennung zum Päpstlichen Delegaten für die Gedenkveranstaltung anlässlich des 450. Jahrestages des Abschlusses des Trienter Konzils am 3. Dezember 2013 durch Papst Franziskus.
Galilei und die Kirche, oder, Das Recht auf Irrtum, F. Pustet, Regensburg 1982, ISBN 978-3-7917-0743-3.
Galilei e la Chiesa – ossia il diritta ad errare (= Scienze e Fede, Band 4), Libreria Editrice Vaticana, Citta del Vaticano 1992, ISBN 978-88-209-1718-0.
Von der Reformation bis zum Reichsdeputationshauptschluss (1993, ISBN 978-3-88096-672-7)
Vom Reichsdeputationshauptschluss bis zum zweiten Vatikanischen Konzil (1991, ISBN 978-3-88096-673-4)
Ecclesia Militans. Studien zur Konzilien- und Reformationsgeschichte. Remigius Bäumer zum 70. Geburtstag gewidmet, Band 1: Konziliengeschichte, Paderborn (u. a.) 1988.
Dr. Johannes Winhart, der letzte katholische Stiftsprediger bei St. Gumbert in Ansbach, in: Würzburger Diözesangeschichtsverein (Hrsg.), Diözesan-Geschichtsblätter, Würzburg, Namd 18 und 19, 1956–1957, S. 125-.
Kirchenfreiheit und Kirchenreform. Die Instruktionen für die Gesandten der Kathedralkapitel der Kirchenprovinz Reims zum Konzil von Pavia-Siena, in: Remigius Bäumer (Hrsg.), Von Konstanz nach Trient (= Festschrift für August Franzen), Verlag Schöningh, München, Paderborn, Wien 1972, S. 57–85.
Infeliciter electus fuit in Papam. Zur Wahl Johannes XXIII., in: Dieter Berg (Hrsg.) und Hans-Werner Goetz (Hrsg.), Ecclesia et regnum. Beiträge zur Geschichte von Kirche, Recht und Staat im Mittelalter (= Festschrift für Franz-Josef Schmale zu seinem 65. Geburtstag), Winkler-Verlag, Bochum 1989, S. 309-.
„Die Inquisition war nun doch wohl das letzte!“. Historische Wirklichkeit und Legende, in: Michael Müller (Hrsg.), Plädoyer für die Kirche. Urteile über Vorurteile, MM Verlag, Aachen 1991, ISBN 978-3-928272-00-1.
Vergebung – der Weg zum Frieden, in: Johannes Paul II. (Autor), Donato Squicciarini (Hrsg.), Die Weltfriedensbotschaften Papst Johannes Pauls II. 1993–2000, Duncker & Humblot, Berlin 2001, S. 415-.
Carl Josef von Hefele – ein Geschichtsschreiber macht Geschichte Ein historisches Feuilleton, in: Johannes Arnold (Hrsg.), Väter der Kirche. Ekklesiales Denken von den Anfängen bis in die Neuzeit; (= Festgabe für Hermann Josef Sieben SJ zum 70. Geburtstag), Schöningh, Paderborn, Wien, u. a. 2004, S. 1087-.
Kunst – Kult – Kirche, in: Heidemarie Seblatnig (Hrsg.), Michael M. Wimmer (Übersetzung), Hetzendorf und der Ikonoklasmus in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts, Facultas WUV, Wien 2010, S. 95-.
Remarks on the Opening of the Exhibition „Opus Iustitiae Pax. Eugenio Pacelli – Pius XII (1876–1958)“ in Munich, in: Peter Pfister (Hrsg.), Eugenio Pacelli – Pius XII. (1876–1958) in the view of scholarship, Schnell und Steiner, Regensburg 2012, S. 11-.
Unity and Indissolubility of Marriage: From the Middle Ages to the Council of Trent, in: Robert Dodaro (Hrsg.), Remaining in the Truth of Christ: Marriage and Communion in the Catholic Church, Ignatius Press, San Francisco 2014. S. 129–147. Deutsche Ausgabe: Robert Dorado (Hrsg.), In der Wahrheit Christi bleiben. Ehe und Kommunion in der Katholischen Kirche, Echter, Würzburg 2014, ISBN 978-3-429-03783-3. (Inhaltsverzeichnis und Editorial der englischsprachigen Originalausgabe online verfügbar, im Editorial das Abstract dieses Beitrags von Brandmüller auf S. 15–24) Der Sammelband ist eine Replik auf Walter Kasper, Das Evangelium von der Familie. Die Rede vor dem Konsistorium, Verlag Herder Freiburg, Basel, Wien 2014, ISBN 978-3-451-31245-8.[18]
Renuntiatio Papae – einige historisch-kanonistische Überlegungen, in: Johannes Grohe (Hrsg.), Gregor Wurst (Hrsg.), Zvjezdan Strika (Hrsg.), Hermann Fischer (Hrsg.), Begegnung der Kirche in Ost und West im Spiegel der synodalen Strukturen. Historisch-theologische Beiträge (= Festschrift Petar Vrankić zum 70. Geburtstag), EOS Verlag Erzabtei St. Ottilien, Sankt Ottilien 2017, ISBN 978-3-8306-7869-4, S. 65–80.
Was ist Materie? In: Stimmen der Zeit (SdZ), Jahrgang 79, Heft 1, 1952–1953, S. 194ff.
Studien zur Frühgeschichte der Abtei Michelsberg. Mit Abdruck der Kalendare aus den Handschriften Bamberg Lit. 1 und Karlsruhe 504, in: Bericht des Historischen Vereins für die Pflege der Geschichte des ehemaligen Fürstbistums Bamberg, Jahrgang 100, 1964, S. 95–135.
Die römischen Berichte des Pietro d'Antonio De' Micheli an das Concistoro von Siena im Frühjahr 1431, in: Bullettino senese di storia patria, Jahrgang 73/75, 1966/68, S. 146–199.
Simon de Lellis de Teramo. Ein Konsistorialadvokat auf den Konzilien von Konstanz und Basel, in: Annuarium Historiae Conciliorum, Jahrgang 12, 1980, S. 229–268.
Kirche und Arbeiterschaft im 19. Jahrhundert. Fragen und Tatsachen, in: SdZ, Jahrgang 93, 1975, S. 228-.
Die Confessio Augustana in ihrem historischen Kontext, in: SdZ, Jahrgang 105, 1980, S. 553ff.
Wortverkündigung und Weihe. Das Problem der Laienpredigt im Licht der Kirchen-, insbesondere der Konziliengeschichte, in: Annuarium Historiae Conciliorum, Jahrgang 18, 1986, S. 239–271.
Die Lehre der Konzilien über die rechte Schriftinterpretation bis zum 1. Vatikanum, in: Annuarium Historiae Conciliorum, Jahrgang 19, 1987, S. 13–61.
Martin V. und die Griechenunion: der „Sermo in presentacione cuiusdam episcopi Ruteni“ des Mag. Mauricius Rvacka in Konstanz, 25. Februar 1418, in: Historical Studies Antonio García y García, 1998, S. 133–148.
Johannes XXIII. im Urteil der Geschichte – oder die Macht des Klischees, in: Annuarium Historiae Conciliorum, Jahrgang 32, 2000, S. 106–145.
Silvester II. Römischer Primat an der Schwelle zum 2. Jahrtausend, in: Bullettino dell'Istituto storico italiano per il medio evo, Jahrgang 104, 2002, S. 1–29.
Die Konklaven aus nächster Nähe. Das Wahlrecht und seine Bedeutung im Laufe der Jahrhunderte, in: 30 Tage. In Kirche und Welt. Internationale Monatschrift, 2003, Nummer 5.[19]
Konzil-Synode im Briefcorpus Gregors des Großen, in: Annuarium Historiae Conciliorum, Jahrgang 37, 2005, S. 377–398.
Die kanonistischen Hintergründe der Wahl von Fondi, in: Annuarium historiae conciliorum, Jahrgang 39, 2007, Heft 1/2, S. 125–130.
Zum Problem der Ökumenizität von Konzilien, in: Annuarium historiae conciliorum, Jahrgang 41, 2009, Heft 2, S. 275–312.
Verfolgt in allerjüngster Zeit. Der Erste Brief des Clemens, in: 30 Tage. In Kirche und Welt. Internationale Monatschrift, 2011, Nr. 11.[20]
Ehe zwischen Macht und Recht. Der Ehestreit zwischen Lothar II. und Nikolaus I. Ein Fallbeispiel aus der Geschichte, in: Die Neue Ordnung, Jahrgang 68, Heft 3, 2014, S. 180–191.
Renuntiatio Papae. Alcune riflessioni storico-canonistiche, in: Stato, Chiese e pluralismo confessionale. Rivista telematica (www.statoechiese.it), 2016, Nummer 26, 18. Juli 2016, ISSN1971-8543. (14 Seiten),[21] (Zusammenfassung: Settimo Cielo und Giuseppe Nardi, Kardinal Brandmüller: Figur eines „emeritierten“ Papstes birgt „große Gefahren“ für Einheit der Kirche, in: katholisches.info. Magazin für Kirche und Kultur, 18. Juli 2016),[22] und in: Jurist, Jahrgang 76, 2016, Heft 2, S. 311–325.
Der Papst: Glaubender – Lehrer der Gläubigen, in: Die Neue Ordnung, Band 71, 2017, Heft 4, S. 244–251, und in: Una-Voce-Korrespondenz, Band 47, 2017, Heft 3, S. 321–330.
Homosexualität und Missbrauch. Der Krise begegnen. Lehren aus der Geschichte. in: Vatican-magazin, 2018[23] (Inhaltsangabe von Sandro Magister online verfügbar[24])
Ehelosigkeit ist Dienst am Evangelium. in: FAZ, 2019[25]
mit Guido Horst (Interviewer): Geduld, Geduld – was sind schon fünfzig Jahre?, in: Die Tagespost, 25. Oktober 2012.
mit Maike Hickson: Cardinal Brandmüller: Advocates for changing Catholic teaching on marriage are ‘heretics’ – even if they are bishops, in: lifesitenews.com, 14. April 2015, online verfügbar[27]
Walter Kardinal Brandmüller: Die Begeisterung um Papst Franziskus ist oberflächlich, in: Zeit Magazine, ZEIT GESCHICHTE, 26. August 2014.
mit Reinhold Michels (Interviewer): „Der gute Hirte darf Wölfe nicht fürchten“. Vatikan-Geistlicher kritisiert deutsche Bischöfe: Sich selbst erhaltender Apparat übertöne mit Geklapper das Evangelium., in: RP ONLINE, 1. Juli 2015, (online verfügbar)[28]
mit Maike Hickson (Interviewer): Cardinal Brandmüller on How the Dubia Should be Answered, in: onepeterfive.com, 3. Januar 2018, (online verfügbar)[30]
Remigius Bäumer (Hrsg.): Synodus. Beiträge zur Konzilien- und allgemeinen Kirchengeschichte. Schöningh, Paderborn 1997, ISBN 3-506-73434-2 (Festschrift, mit Bibliographie 1957–1996, S. 893–935).
Cosimo Semeraro (Hrsg.): Walter Brandmüller: Scripta maneant. Raccolta di studi in occasione del suo 80° genetliaco. Libreria Editrice Vaticana, Rom 2009, ISBN 978-88-209-8169-3 (Festschrift zum 80. Geburtstag)[31]
Biografische Notiz zu Kardinal Brandmuller In: Presseamt des Heiligen Stuhls: Documentation – The College of Cardinals, abgerufen am 24. März 2023 (englisch)
Würdigung zum 85. Geburtstag mit Kurzbiografie im Domradio (von Thomas Jansen, Katholische Nachrichtenagentur, erschienen am 5. Januar 2014, zuletzt abgerufen am 30. Dezember 2014)
↑Deutsche Nationalkirche im Eilmarsch „Los von Rom“, Teil 1. Von Walter Kardinal Brandmüller | https://kath.net/news/74969 | Abgerufen am 26. April 2021