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Beethoven’s Compositional Process. University of Nebraska Press, Lincoln/Nebraska 1991.
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The Second Practice of Nineteenth-Century Tonality. University of Nebraska Press, Lincoln/Nebraska 1996.
Artaria 195: Beethoven’s Sketchbook for the ‘Missa solemnis’ and the Piano Sonata in E Major, Opus 109. 3 Bände, University of Illinois Press, Urbana 2003 (mit Katherine Syer).
A Companion to Wagner’s Parsifal. Camden House, Rochester/New York 2005.
William Kinderman (Hrsg.): The String Quartets of Beethoven. University of Illinois Press, Urbana 2006, ISBN 0-252-03036-2.
Mozart’s piano music. Oxford University Press, New York, NY 2006, ISBN 0-19-510067-0.
Beethoven: A Political Artist in Revolutionary Times, University of Chicago Press, 2020 – Deutsche Ausgabe unter dem Titel Beethoven. Ein politischer Künstler in revolutionären Zeiten, Wien: Molden Verlag, 2020; ISBN 978-3-222-15052-4
Die Diabelli-Variationen von 1819. Die Skizzenbefunde zu op. 120. Eine Studie zum kompositorischen Schaffensprozess. In: Zu Beethoven. Aufsätze und Dokumente 2. Hrsg. von Harry Goldschmidt, Berlin 1984, S. 130–162.
Integration and Narrative Design in Beethoven's Piano Sonata in As Major, opus 110, in: Beethoven forum, Vol. 1 (1992), S. 111–145.
Anton Schindler as Beethoven's Biographer: New Evidence from the Sketchbooks. In: Kunstwerk und Biographie. Gedenkschrift Harry Goldschmidt. Hrsg. von Hanns-Werner Heister, Berlin 2002, S. 313–323.
The Great and the Small, the Tiny and the Infinite. Aesthetic Experimentation in Beethoven’s Known and Unknown Bagatelles, in: Musik und Biographie. Festschrift für Rainer Cadenbach. Hrsg. von Cordula Heymann-Wentzel und Johannes Laas, Königshausen & Neumann, Würzburg 2004, S. 179–196, ISBN 3-8260-2804-X
Beethoven’s Unfinished Piano Trio in F minor from 1816: A Study of its Genesis and Significance. In: Journal of Musicological Research. Band 25, 2006, S. 1–42.
Die Skizzenbücher Beethovens. In: Ästhetische Erfahrung und Edition. Hrsg. von Rainer Falk und Gert Mattenklott, Tübingen 2007, S. 151–174.