Η γεωργία στην Εσθονία, όπως και η υπόλοιπη οικονομία, βρίσκεται σε μεγάλη πτώση από τον εκφυλισμό των συνεταιριστικών και κρατικών αγροτικών συστημάτων.[1]
Το 1991 περίπου το 12 % του εργατικού δυναμικού εργαζόταν στη γεωργία, παράγοντας το 15,4 % του ΑΕΠ της Εσθονίας. Η Εσθονία διαθέτει περίπου 1,3 εκατομμύρια εκτάρια γεωργικής γης, εκ των οποίων σχεδόν ένα εκατομμύριο εκτάρια είναι καλλιεργήσιμη. Κατά τη διάρκεια της σοβιετικής εποχής, η καλλιεργήσιμη γη μειώθηκε κατά περίπου 405.000 εκτάρια και πολύ από αυτήν έγινε δάσος. Η κολεκτιβοποίηση στα τέλη της δεκαετίας του 1940 και του 1950 έφερε μεγάλες δυσκολίες στην εσθονική γεωργία, η οποία κατά τη διάρκεια της πρώτης περιόδου ανεξαρτησίας ήταν το στήριγμα της εσθονικής κοινωνίας. Ωστόσο, η γεωργία της Εσθονίας παρέμεινε πιο παραγωγική από τον σοβιετικό μέσο όρο. Το 1990 υπήρχαν 221 συλλογικές και 117 κρατικές εκμεταλλεύσεις με μέσο όρο 350 έως 400 εργαζόμενους η καθεμία. Το μέσο κοπάδι των ζώων ανά εκμετάλλευση περιελάμβανε 1.900 βοοειδή και 2.500 χοίρους. Η Εσθονία ήταν μεγάλη εξαγωγέας κρέατος και γάλακτος στις άλλες δημοκρατίες. Η γεωργία χρησίμευσε επίσης ως η βάση για μια ισχυρή βιομηχανία επεξεργασίας τροφίμων της δημοκρατίας. Ωστόσο, για την παραγωγή κρέατος, η Εσθονία βασίστηκε σε μεγάλο βαθμό στα σιτηρά ζωοτροφών από τη Ρωσία. Όταν η χώρα προσπάθησε να μειώσει τις εξαγωγές κρέατος στα τέλη της δεκαετίας του 1980, η Ρωσία αντέδρασε επιβραδύνοντας την παροχή σιτηρών ζωοτροφών, η οποία μείωσε ακόμη περισσότερο την παραγωγή της Εσθονίας. Οι αυξήσεις των τιμών των καυσίμων και μια γενική κρίση καυσίμων στις αρχές του 1992 έπληξαν επίσης πολύ τη γεωργική παραγωγή. Αν και η συνολική έκταση των καλλιεργούμενων εκτάσεων αυξήθηκε στις αρχές της δεκαετίας του 1990, η συνολική παραγωγή και οι μέσες αποδόσεις μειώθηκαν σημαντικά.[1]
Η μεταρρύθμιση του γεωργικού συστήματος της Εσθονίας ξεκίνησε τον Δεκέμβριο του 1989 με την έγκριση του νόμου για την ιδιωτική γεωργία. Ο νόμος επέτρεπε σε αγρότες να κατέχουν έως και 50 εκτάρια γης για ιδιωτική παραγωγή και για καλλιέργεια προιόντων. Η γη ήταν κληρονομική αλλά δεν μπορούσε να αγοραστεί ή να πουληθεί. Ο στόχος της μεταρρύθμισης ήταν να τονώσει την παραγωγή και να επιστρέψει το πνεύμα της ιδιωτικής γεωργίας σε μια αγροτική ύπαιθρο φθαρμένη από δεκαετίες κεντρικού σχεδιασμού. Έξι μήνες μετά την εφαρμογή, δημιουργήθηκαν σχεδόν 2.000 αγροκτήματα, με αρκετές χιλιάδες ακόμη να περιμένουν την έγκριση. Ένα χρόνο αργότερα, λειτουργούσαν περισσότερες από 3.500 ιδιωτικές εκμεταλλεύσεις. Από τον Οκτώβριο του 1991, οι αγρότες είχαν τη δυνατότητα να κατέχουν τη γη τους. Αυτό αύξησε τον αριθμό των εκμεταλλεύσεων σε 7.200 έως τις αρχές του 1992. Από το πρώτο εξάμηνο του 1993, είχαν δημιουργηθεί συνολικά 8.781 αγροκτήματα, καλύπτοντας περίπου 225.000 εκτάρια, ή το ένα τέταρτο της αρόσιμης γης της Εσθονίας.[1]
Τον Μάιο του 1993, το κοινοβούλιο της Εσθονίας ψήφισε νόμο για τους φόρους περιουσίας, ο οποίος αποτελούσε μεγάλη ανησυχία για πολλούς αγρότες πριν ασχοληθούν με τις επιχειρήσεις. Ο νόμος όρισε έναν φόρο 0,5 % στις αξίες ιδιοκτησίας που πρέπει να καταβληθεί στο κράτος και ένα μερίδιο 0,3 έως 0,7 % που πρέπει να καταβληθεί στις τοπικές κυβερνήσεις. Περισσότερο από τους φόρους ιδιοκτησίας, το κόστος των εμπορευμάτων, όπως τα καύσιμα και ο νέος εξοπλισμός, θεωρήθηκε πιθανότερο να αποδειχθεί επαχθές για πολλούς νέους αγρότες.[1]
Με την εισαγωγή της ιδιωτικής γεωργίας, πολλές συλλογικές εκμεταλλεύσεις άρχισαν να αποσυντίθενται. Αυξήθηκε η διαφθορά και η «αυθόρμητη ιδιωτικοποίηση» του αγροτικού εξοπλισμού από διευθυντές αγροκτημάτων. Ορισμένες από τις πιο επιτυχημένες εκμεταλλεύσεις της Εσθονίας αναδιοργανώθηκαν σε συνεταιρισμούς. Μακροπρόθεσμα, η κυβέρνηση προέβλεψε ότι 40.000 έως 60.000 ιδιωτικές εκμεταλλεύσεις κατά μέσο όρο πενήντα εκτάρια θα ήταν υπό βελτίωση. Ταυτόχρονα, οι Εσθονοί ήταν πιθανό να διατηρήσουν πολύ υψηλό ποσοστό κατανάλωσης φρούτων και λαχανικών. Μια έρευνα του 1993 από την Εσθονική Στατιστική Επιτροπή έδειξε ότι σχεδόν το 80 % όλων των πατατών που καταναλώθηκαν από Εσθονούς είτε καλλιεργήθηκαν ιδιωτικά είτε παραλήφθηκαν από φίλους ή συγγενείς. Το 30% των αυγών ελήφθησαν εκτός της αγοράς, καθώς και 71,5 % όλου του χυμών. Συνολικά, οι Εσθονοί ανέφεραν ότι πήραν πάνω από το 20% των τροφίμων τους από ιδιωτική παραγωγή ή από φίλους ή συγγενείς.[1]
Η Εσθονία παρήγαγε το 2018:
Εκτός από τις μικρότερες παραγωγές άλλων γεωργικών προϊόντων.[2]
Η Εσθονία έχει 1,8 εκατομμύρια εκτάρια δάσους με περίπου 274 εκατομμύρια κυβικά μέτρα ξυλείας. Αντιπροσωπεύοντας περίπου το 9% της βιομηχανικής παραγωγής το 1992, οι βιομηχανίες που σχετίζονται με τα δάση φαίνεται πιθανό να αναπτυχθούν περαιτέρω τη δεκαετία του 1990, χάρη στην επέκταση των εξαγωγών επίπλων και ξυλείας.[1]
Η αλιευτική βιομηχανία, που ήταν εξ ολοκλήρου υπό σοβιετικό έλεγχο, έχει επίσης τη δυνατότητα να συμβάλει στην οικονομία της χώρας. Με 230 πλοία, συμπεριλαμβανομένων ενενήντα πλοίων oceangoing, αυτή η κερδοφόρα βιομηχανία λειτούργησε ευρέως σε διεθνή ύδατα. Ένα μεγάλο μέρος των εξαγωγών της βιομηχανίας τροφίμων της Εσθονίας αποτελείται από ψάρια και προϊόντα ψαριών. Το 1992 αλιεύθηκαν περίπου 131.000 τόνοι φρέσκων ψαριών.[1]