Η θρησκεία στη Μολδαβία είναι κατά κύριο λόγο Ορθόδοξη Χριστιανική. Το Σύνταγμα της Δημοκρατίας της Μολδαβίας προβλέπει τη θρησκευτική ελευθερία και η εθνική κυβέρνηση σέβεται γενικά αυτό το δικαίωμα στην πράξη.
Αν και η Ανατολική Ορθοδοξία έχει αριθμητική υπεροχή, δεν υπάρχει κρατική θρησκεία, και το κράτος και η εκκλησία είναι επισήμως χωριστά.
Η γενικά φιλική σχέση μεταξύ των θρησκειών στη μολδαβική κοινωνία συμβάλλει στη θρησκευτική ελευθερία. Ωστόσο, οι διαφορές μεταξύ διαφόρων κλάδων της Ορθόδοξης Εκκλησίας συνεχίζονται.
Άλλες θρησκείες που ασκούνται στη Μολδαβία περιλαμβάνουν τον Ιουδαϊσμό.[2]
Η κύρια θρησκεία είναι ο Χριστιανισμός, με το 90,1% του πληθυσμού να δηλώνουν Ανατολικοί Ορθόδοξοι σύμφωνα με στοιχεία της απογραφής του 2014. Διοικητικά, υπάρχουν δύο αυτόνομες ορθόδοξες εκκλησίες που ανήκουν σε δύο αυτοκέφαλα Πατριαρχεία εντός της Ανατολικής Ορθόδοξης κοινωνίας. Η αυτόνομη Μητρόπολη Κισινάου και πάσης Μολδαβίας (που ανήκει στη Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία) με 1.194 ενορίες, σύμφωνα με την Κρατική Υπηρεσία Θρησκευτικών Θεμάτων και η αυτόνομη Μητρόπολη Βεσσαραβίας (που ανήκει στην Ρουμανική Ορθόδοξη Εκκλησία) με 124 ενορίες. Οι οπαδοί της Ρωσικής Ορθόδοξης Εκκλησίας της Παλαιάς Ιεροτελεστίας αποτελούν περίπου το 0,09% του πληθυσμού.
Οι θρησκευτικές παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδοξίας είναι συνυφασμένες με τον πολιτισμό και την κληρονομιά της χώρας. Πολλοί που αυτοπροσδιορίζονται ως άθεοι γιορτάζουν συνηθισμένα τις θρησκευτικές γιορτές, κάνουν τον σταυρό τους, ανάβουν ακόμη και κεριά και φιλούν εικονίσματα, αν η τοπική παράδοση και η περίσταση το απαιτούν.
Η Μολδαβία σχηματίζει μια ρωμαιοκαθολική μοναδική επισκοπή, αυτή του Κισινάου. Δεν αποτελεί μέρος οποιασδήποτε εκκλησιαστικής επαρχίας, και ως εκ τούτου εξαρτάται άμεσα από την Αγία Έδρα για τη μητροπολιτική εξουσία. Περίπου το 0,5% των Μολδαβών ακολουθούν την ρωμαιοκαθολικό δόγμα.
Οπαδοί άλλων θρησκειών περιλαμβάνουν Βαπτιστές,Πεντηκοστιανούς, Αντβεντιστές της Εβδόμης Ημέρας, Μουσουλμάνους, Μάρτυρες του Ιεχωβά, Μπαχάι, Εβραίους, μέλη της Εκκλησίας Ενοποίησης, Μεσσιανικούς Εβραίους (που πιστεύουν ότι ο Ιησούς ήταν ο Μεσσίας), Λουθηρανούς, Πρεσβυτεριανούς, και άλλες θρησκευτικές ομάδες. Η Εκκλησία του Ιησού Χριστού των Αγίων των Τελευταίων Ημερών (Μορμόνοι) έχει 3 εκκλησίες στη χώρα, και ένα σύνολο περίπου 370 μελών.[3]
Σύμφωνα με τους πιο πρόσφατους διαθέσιμους αριθμούς, η εβραϊκή κοινότητα έχει περίπου 31.300 μέλη, συμπεριλαμβανομένων περίπου 20.000 κατοίκων στο Κισινάου, περίπου 3.100 στο Μπάλτσι και τις γύρω περιοχές, περίπου 2.200 στο Τιράσπολ και περίπου 2.000 στο Μπέντερ.