Η Εσθονία έχει μία από τις μικρότερες Μουσουλμανικές κοινότητες στην ευρωπαϊκή ήπειρο. Σύμφωνα με την απογραφή του 2011, ο αριθμός των μουσουλμάνων στην Εσθονία ανερχόταν στα 1.508 άτομα. Ο αριθμός των Μουσουλμάνων στην Εσθονία είναι μικρός και δεν υπάρχει κανένα τζαμί στη χώρα. Γι'αυτό το λόγο, το Ισλαμικό Πολιτιστικό Κέντρο Τουράθ λειτουργεί ως χώρος λατρείας.
Οι πρώτοι Μουσουλμάνοι που εγκαταστάθηκαν στα εδάφη της σημερινής Εσθονίας ήταν Σουνίτες Τάταροι και Σιίτες Αζέροιοι οποίοι ολοκλήρωσαν την στρατιωτική υπηρεσία τους στο Ρωσικό Στρατό μετά την προσάρτηση της Εσθονίας και της Λιβονίας στην Ρωσική Αυτοκρατορία το 1721, ως αποτέλεσμα της νίκης των Ρώσων στον Μεγάλο Βόρειο Πόλεμο. Η συντριπτική πλειοψηφία των Μουσουλμάνων της Εσθονίας μετανάστευσαν στην χώρα κατά την διάρκεια της Σοβιετικής κατοχής της Εσθονίας (1940 - 1991).
Από το 1860 η τοπική ταταρική κοινότητα στην Εσθονία άρχισε να γίνεται ενεργή, έχοντας ως κέντρο της τη Νάρβα. Το 1928 ιδρύθηκε ένα μουσουλμανικό εκκλησίασμα στη Νάρβα (Narva Muhamedi Kogudus) της τότε ανεξάρτητης Εσθονίας. Το 1939 ιδρύθηκε ένα δεύτερο μουσουλμανικό εκκλησίασμα στο Τάλιν (Tallinna Muhamedi Usuühing). Στη Νάρβα ένα σπίτι μετετράπη σε τζαμί. Το 1940, οι Σοβιετικές αρχές απαγόρευσαν τη λειτουργία των δύο εκκλησιασμάτων. Τέσσερα χρόνια αργότερα (και ενώ ο Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος ήταν ακόμη σε εξέλιξη) τα κτίρια των εκκλησιασμάτων βομβαρδίστηκαν και καταστράφηκαν.
Η Εσθονία δεν έχει κανένα τζαμί. Στο Τάλιν υπάρχει ένα διαμέρισμα το οποίο έχει προσαρμοστεί κατάλληλα για να μπορεί να λειτουργήσει ως χώρος προσευχής.[1] Η Μουσουλμανική κοινότητα στην Εσθονία έχει μετριοπαθείς πολιτικές απόψεις. Στην Εσθονία οι Σουνίτες και οι Σιίτες προσεύχονται από κοινού, κάτι που είναι ασυνήθιστο στον υπόλοιπο κόσμο.