Αρχικά είχε ιδρυθεί το 1769, το Ελληνομουσείον Λευκωσίας.[1]
Το 1821, ο Αρχιεπίσκοπος Κυπριανός ίδρυσε την Ελληνική Σχολή Λευκωσίας όταν η Κύπρος ήταν υπο Οθωμανική κατοχή. Είναι το αρχαιότερο σχολείο δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης σε λειτουργία στο νησί. Ο πρώτος διευθυντής ήταν ο Ιωάννης Δέλλιος[2] και λειτουργούσε ως τετρατάξιο γυμνάσιο.
Το 1893 το σχολείο αναβαθμίστηκε σε εξατάξιο γυμνάσιο και άλλαξε το όνομά του το 1896 σε Παγκύπριον Γυμνάσιον, κάνοντας το ισάξιο με τα υπόλοιπα λύκεια της Ελλάδος, και τους μαθητές του, ικανούς να φοιτήσουν στο Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Η νέα βιβλιοθήκη του Γυμνασίου χτίστηκε μετά τον Σεπτέμβριο του 1947, πάνω σε σχέδιο του αρχιτεκτονικού γραφείου Αδελφών Μ. Μιχαηλίδη. Τη χρηματοδότηση της κατασκευής ανέλαβε ο ευεργέτης Δημοσθένης Σεβέρης.
Μετά την έναρξη του απελευθερωτικού αγώνα της ΕΟΚΑ, το 1955, οι αγγλικές αρχές διέκοψαν τη λειτουργία του σχολείου, λόγω της συμμετοχής των μαθητών που φοιτούσαν του Παγκυπρίου Γυμνασίου, στον αγώνα του λαού εθνική απελευθέρωση και κυρίως λόγω των μαχητικών διαδηλώσεων και των σφοδρών συγκρούσεων των μαθητών με την αγγλική αστυνομία τις τελευταίες μέρες του Ιανουαρίου του 1956, που ονομάστηκαν μάχη της Σεβερείου.[3]
Τιμώντας την συμβολή του σχολείου στην εκπαίδευση, τα Κυπριακά Ταχυδρομεία εξέδωσαν αναμνηστικό γραμματόσημο το 1993.[4]
Βρίσκεται απέναντι από την αρχιεπίσκοπη, μέσα τα τείχη της παλαιάς πόλης της Λευκωσίας. Το πρωτότυπο κτήριο καταστράφηκε σε φωτιά το 1920 και μέρη του σχολείου ξανακτίστηκαν εντελώς σε νεοκλασικό στυλ.
Ιδιαίτερο ιστορικό ενδιαφέρον παρουσιάζει η κρύπτη του σχολείου που βρίσκεται κάτω από την κεντρική είσοδο. Εκεί λέγεται ότι ο Αρχιεπίσκοπος Κυπριανός είχε μυστικές συναντήσεις με εκπροσώπους της Φιλική Εταιρεία στις αρχές του 19ου αιώνα.
Το σχολείο ενσωματώνει επίσης μια σημαντική συλλογή από αντικείμενα, έργα τέχνης και βιβλία. Η Σεβέρειος Βιβλιοθήκη που άνοιξε το 1949 περιέχει πάνω από 50.000 χειρόγραφα.[5]
↑Comment - Our president cannot distinguish myth from reality. (Cyprus Mail archive article - Sunday, July 10, 2005)«Archived copy». Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 30 Σεπτεμβρίου 2007. Ανακτήθηκε στις 18 Δεκεμβρίου 2006.