Στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα 1938-39 μετείχαν 14 ομάδες, για πρώτη φορά τόσες πολλές και για πρώτη φορά από την επαρχία. Διεξήχθη σε δύο ομίλους: Νότιο με οκτώ (8) και Βόρειο με έξι (6) ομάδες, οι οποίες προκρίθηκαν από τα πρωταθλήματα των τοπικών ενώσεων. Ο Νότιος όμιλος συγκροτήθηκε από πέντε συλλόγους της ΕΠΣ Αθήνας και τρεις της ΕΠΣ Πειραιώς. Στο Βόρειο όμιλο μετείχαν τρεις ομάδες της ΕΠΣ Μακεδονίας και τρεις από την Ένωση Ανατολικής Μακεδονίας. Ήταν η πρώτη φορά που μετείχαν στο πανελλήνιο πρωτάθλημα ομάδες εκτός Αθηνών και Θεσσαλονίκης. Οι πρωταθλήτριες των δύο ομίλων, ΑΕΚ (πρώτη λόγω καλύτερου συντελεστή τερμάτων από τον Ολυμπιακό) και Ηρακλής Θεσσαλονίκης, αγωνίστηκαν σε διπλό τελικό για τον πανελλήνιο τίτλο. Πρωταθλήτρια αναδείχθηκε η ΑΕΚ,[1] η οποία προκρίθηκε στο πανελλήνιο πρωτάθλημα ως δευτεραθλήτρια ΕΠΣ Αθήνας, με πρωταγωνιστή τον ανερχόμενο τότε σκόρερ Κλεάνθη Μαρόπουλο.
Για να προλάβει να ολοκληρωθεί το πρωτάθλημα, μιας και απαιτούνταν πολλές αγωνιστικές (10 του τοπικού Αθήνας + 14 του νοτίου ομίλου + ο διπλός τελικός), αποφασίστηκε οι ομάδες που προκρίθηκαν για το πανελλήνιο πρωτάθλημα να μην αγωνιστούν ξανά μεταξύ τους αλλά να μεταφέρουν τα μεταξύ τους αποτελέσματα των τοπικών πρωταθλημάτων. Από την περίοδο αυτή καθιερώθηκε από την ΕΠΟ σε όλες τις διοργανώσεις η βαθμολογία 3-2-1, ώστε να υπάρχει δυνατότητα μηδενισμού όποιας ομάδας αρνείτο να πάρει μέρος σε έναν αγώνα. Το σύστημα αυτό ίσχυσε ως την περίοδο 1972-73, δηλαδή για 35 περίπου χρόνια.