Ένας πρωτογενής μεταβολίτης είναι ένα είδος μεταβολίτη που εμπλέκεται άμεσα στη φυσιολογική ανάπτυξη, εξέλιξη και αναπαραγωγή. Εκτελεί συνήθως μια φυσιολογική λειτουργία στον οργανισμό (δηλαδή μια εγγενή λειτουργία). Ένας πρωτογενής μεταβολίτης τυπικά υπάρχει σε πολλούς οργανισμούς ή κύτταρα. Αναφέρεται επίσης ως κεντρικός μεταβολίτης, ο οποίος έχει ακόμη πιο περιορισμένη σημασία (υπάρχει σε οποιοδήποτε αυτόνομα αναπτυσσόμενο κύτταρο ή οργανισμό). Μερικά κοινά παραδείγματα πρωτογενών μεταβολιτών περιλαμβάνουν: γαλακτικό οξύ και ορισμένα αμινοξέα. Σημειώστε ότι οι πρωτογενείς μεταβολίτες δεν παρουσιάζουν φαρμακολογικές δράσεις ή επιπτώσεις.
Αντίθετα, ένας δευτερογενής μεταβολίτης δεν εμπλέκεται άμεσα σε αυτές τις διαδικασίες, αλλά έχει συνήθως μια σημαντική οικολογική λειτουργία (δηλ. Μια σχεσιακή λειτουργία). Ένας δευτεροταγής μεταβολίτης τυπικά υπάρχει σε ένα ταξινομικά περιορισμένο σύνολο οργανισμών ή κυττάρων (φυτά, μύκητες, βακτήρια κ.λπ.). Μερικά κοινά παραδείγματα δευτερογενών μεταβολιτών περιλαμβάνουν: αλκαλοειδή της ερυσίβης (ergot alkaloids), αντιβιοτικά, ναφθαλίνια, νουκλεοσίδια, φαιναζίνες, κινολίνες, τερπενοειδή, πεπτίδια και αυξητικούς παράγοντες.
Οι ρυθμιστές ανάπτυξης των φυτών μπορούν να ταξινομηθούν και ως πρωτογενείς και δευτερογενείς μεταβολίτες λόγω του ρόλου τους στην ανάπτυξη και την εξέλιξη των φυτών.[1][2][3][4] Μερικά από αυτά είναι ενδιάμεσα μεταξύ πρωτογενούς και δευτερογενούς μεταβολισμού.[5]