La Filipinaj humidaj arbaroj estas tutmondaj 200-regiono, kaj karakteriza biogeografia parto el la sundalanda kaj filipina ekoprovinco de la orientalisa ekozono laŭ la tipologio de la Monda Natur-Fonduso (WWF). La organizaĵo Naturprotekto Internacie (angle : Conservation International) indikis ilin kiel biodiverseco-riĉaĵejon ĉar la insularo de Filipinoj estas unu el la plej grandaj rezervujoj de biodiverseco kaj endemiismo en la mondo. Fitogeografie, Filipinoj estas aparta flaŭra provinco el la Malesia Regiono de la Paleotropisa Regno.
Ĝi inkluzivas pli ol 7 000 insulojn, kaj totalan tersupraĵan areon de 300 780 km².
Filipinoj neniam estis ligitaj al kontinento Azio per terpontoj. Do flaŭro kaj faŭno transirendis oceanajn markolojn por atingi Filipinojn. Ĝia plantaro kaj bestaro plejparte estas derivitaj de tiuj de tropika Azio. Botanike, Filipinoj estas parto de Malesio, flaŭra provinco kiu inkluzivas la Malajan Duoninsulon, Indonezion, kaj Novgvineon. Plimulto de la flaŭro de Malesio estas derivita de tiu de Azio, inkluzive de la Dipterocarpaceae, kiuj estas la rekonmarkaj arboj de la filipinaj arbaroj.
Elementoj de la Antarkta flaŭro, kiuj originis en la praa sud-duongloba superkontinento de Gondvano, ankaŭ ĉeestas, inkluzive de praaj koniferoj kiel la podokarpacoj (Podocarpus, Nageia, Sundacarpus) kaj araŭkariacoj (Agathis).
La ekoregionoj de Filipinoj primare estas difinitaj rilate al marniveloj dum la glaciepokoj, kiuj estis 120 metroj malpli altaj ol nuntempe, ĉar gigantaj kvantoj da akvo estis enfermitaj en grandegaj kontinentaj glaciaj kovraĵoj. Tiu malplialtiĝo de la marnivelo ligigis multajn nuntempe disigitajn insulojn al pli larĝaj insuloj, kio permesis flaŭrajn kaj faŭnajn interŝanĝojn.
Tiuj antaŭe ligitaj insuloj ĉiuj konstituas apartajn ekoregionojn, kiel faras Mindoro, kiu restis apartigita de la resto, samkiel kelkaj pli malgrandaj insuloj, nome Camiguin, Sibuyan, kaj Siquijor.
Ĉiu grupo de insuloj kiuj estis ligitaj per terpontoj dum la glaciepokoj konstituas apartan faŭnan regionon. La manko de terponto al azia kontinento malhelpis plimulton de la azia megafaŭno, inkluzive de elefantoj, rinoceroj, tapiroj, tigroj, leopardoj, kaj gibonoj, por atingi Filipinojn, kvankam tiuj specioj vivas en la indoneziaj insuloj de Sunda Lando, kiuj antaŭe estis ligitaj al azia kontinento kaŭze de malplialtiĝo de la marnivelo.
La alia ĉefa faktoro kiu difinas la filipinajn ekoregionojn estas alteco; la altaj montaroj de Luzono kaj Mindanao gastigas apartajn montarajn pluvarbarajn ekoregionojn. La montaroj de Luzono ankaŭ gastigas tropikajn pinarbarojn.
Ekoregionoj kiuj estas enlistigitaj en la tutmondaj 200-uno estas oblikve signitaj.
Tropikaj kaj subtropikaj humidaj foliarbaroj
Tropikaj kaj subtropikaj koniferarbaroj
El la nomo de multaj animalaj kaj plantaj specioj, enhavantaj la nomon de Filipinoj aŭ de ties insuloj, deduktiĝas, ke temas pri endemioj ĉu de la insularo ĉu de precizaj insuloj, tiaj kiaj nur inter birdoj la filipina skolopo, filipina drongokukolo, filipina abelmanĝulo, filipina turto, cebua pigonajtingalo, mindanaa korkolombo, luzona korkolombo, mindanaa korkolombo, mindora korkolombo, negrosa korkolombo, sulua korkolombo, luzona ruĝvostulo k.t.p..