La urbo situas ĉe Danubo inter Vieno kaj Pressburg (Bratislava) en la industria zono de Malsupra Aŭstrio tuj proksime al la slovaka landlimo. Hainburg ankaŭ situas inter la geografiaj limoj de Karpatoj (al kiuj ankoraŭ apartenas la monto Braunsberg) oriente kaj Danubo norde.
La teritorio de la urba municipo ampleksas 25,05 kvadratajn kilometrojn. 45,87 elcento de la areo estas arbarkovrita.