Li ankaŭ apartenis al la erfurta grupo de humanistoj renkontiĝantaj en la tiea Engelsburg. Sed ankaŭ en Gotha li estis en la rondo de Mutianus Rufus. Kiam li rektoris ĉe la Universitato de Erfurto estis farita granda reformo de la prelegprogramaro kaj la altlernejo iĝis remodeligita laŭ la humanismaj modeloj.
Komisiite de Frederiko li vojaĝis al Erasmo de Roterdamo por informi lin pri Lutero kaj la Reformacio. Li ankaŭ akompanis Luteron en la 1521-a jaro al Worms. Estante abato de la Konvento de Ĉiuj Sanktuloj en Wittenberg Jonas kune kun Lutero antaŭenpuŝis la ideojn novajn. Erasmo mem konvinkis lin koncentriĝi pri teologio, ne plu pri juraj aferoj. Jonas pledis por Lutero ĉe multaj Reichstag-kunvenoj, faris kontrolojn de paroĥoj kaj verkis ordigregulojn ekleziajn. Latinajn verkojn de Lutero li tradukis en la germanan. Li ĉeestis la morton de Lutero en Eisleben kaj predikis dum ties entombigo (1546).
Acta et res gestae D. Mi Lutheri in comitiis principium Wormaciae ,1521, in Luthers Werke Volumo 7, Seite 825
Adversus Joanem Fabrum, Cosntantiensem vicarium, scortationis patronum proconiugio sacerdotali J. J. defensio,, Tiguri, Wittenberg 1523
Ad Caput. 13. Matth(a)ei. Jonas, Sup(er) v(er)ba Isai(a)e. ca.6. 1524
Annotationes J. J. in Acta Apostolorum. Ad Jo. Fridericum Saxon. Ducem, Wittenberg 1524, Basel 1525, germana traduko 5. August 1525 bei Silvanus Otmar, Augsburg.
Vom alten und newen Gott, glawben und lere, gecorrigirt und gebessert, Wittenberg 1526
Annotationes zu Act noch seine angesichts der Türkengefahr, 1529
Das siebend capitel Danielis von des Türken Gotteslästerung und schrecklicher Moderey mit unterricht J. J., Wittenberg 1529; Jena 1529
Contra tres pagellas Agri Phagi Georgii Witzel, quibus pene Lutheranismus prostratus et voratus esset, J. Joae responsio, Wittenberg, Georg Rhaw 1532
Responsio ad apologiam Croti Rubeani, Wittenberg 1532
Oratio de gradibus in Theologia, Wittenberg 1533
Wilch die rechte Kirche und dagegen wilch die falsche Kirch ist, christlich Antwort und tröstlicher Unterricht wieder das pharisäisch Gewäsch Georgii Witzel, Justus Jonas D., Wittenberg, Georg Rhaw 1534
Ludus Sylvani Hessi in defectionem Georgii Vuicelii ad Papistas cum Praefatione J. J. Respondo stulto iŭta stulticiam suam, ne videatur sibi sapiens, Wittenberg 1534
Kirchenordnung zum Anfang, für die Pfarrherrn in Herzog Heinrichen zu Sachsen Fürstentum, 1539
Gebet und Danksagung bey Abschaffung der ehemals am Tage Corporis Christi gehaltenen abgottischen Päbstlichen Procression ..., (Gebet zur Erhaltung der halleschen Salzbrunnen) 1541
Christlicher und kurzer Unterricht von Vergebung der Sünden und Seligkeit durch D. J. Jonas, Wittenberg 1542
Ein Seremon von den Historien Judas Ischarioth und des Judas Kuß, gepredigt zu Halle in Sachsen, 1543
Der Neun und sybentzigste Psalm zu diesen gefährlichen Zeiten allen Christen zu Trost zu singen und zu bäthen im Reyme gestallt. Durch Doctor Just. Jonas, Supperatendenten zu Hall, 1546
Zwo tröstliche Predigt uber der Leich D. Doct. Martini Luther zu Eisleben den XIX. und XX. Februarii gethan durch D. Doct. Justum Jonam. M. Michaelem Celium, Wittenberg, Georg Rhau
Vom Christlichen abschied aus diesem tödlichen leben des Ehrwirdigen Herrn D. Martin Lutheri, Wittenberg 1546
Vorrede inn die gantz Bibel, wie die ware Kirche Gottes auff Erden jren anfang gehabt, aus dem Latin verdeutscht durch J. J., Erfurt 1548
Ein fast tröstliche Predigt und auslegung der Historien von der Wunderbaren XL tagen In Actis Aposto. Cap. I. Item von der Auferstehung der Todten zu Regenspurg Jnn Bayern gepredigt. Anno Dmn. 1553 erstlich jetz und Anno 1554 in Druck gegeben. Gedruck zu Erfurt 1554 durch Cervasium Stürmer anno 1554
Die evangelischen Kirchenordnungen des 16. Jahrhunderts, Volumo 1, Leipzig 1902 kaj Volumo 2, Leipzig 1904
Ein kleglich ansuchen des ausschus der V. Nider Osterreichischen lande belangend die große jetzige Fahr des Türken halben, Wittenberg 1539
Hymnus des Prudentius, 1539
Epistel an den Landgrafen zu Hessen … Phil. Melanchthon, Wittenberg 1540
Von der Kirchen und der alten Kirchen leren, Phil Melanchthon, Wittenberg 1540
Lazari Klage für des Reichen Thür …, Wittenberg 1540
Eine Schrift Ph. Melanchthon newlich lateinisch gestellet, wider den unreinen Bapst Celibat, Wittenberg 1541, Halle 1543
Eine kurtze Schrifft des Ph. Melanchthon. Von rechter Vergleichung und Friedehandlung …, Wittenberg 1541 Erfurt 1541, Wittenberg 1557
Verantwortung Ph. Melanchthons auff der Cölnischen unter Clerisey Schrifft wider Ern Martin Butzern ausgegangen, Wittenberg 1543
Ursachen, warumb die Kirchen, welche reine, Christliche lehr bekennen …, Wittenberg
Der Prophet Daniel, ausgelegt durch Ph. Melanchthon, Wittenberg 1546
Vorrede in die gantz Bibel. Wie die ware Kirche Gottes auff Erden jren anfang gehabt. Aus dem Latin verdeutschet Durch Justum Jonam MDXLVIII., Gedr. Zu Erfurdt durch Melchior Sachsen
Welchs die Einig. Recht, Kirche Christi sey, Regensburg 1553
Praefatio methodica totius scripturae in epistolam Pauli ad Romanos e vernac. M. Luth. in lat. versa per J. J., Wittenberg 1523; Nachdrucke in Zürich und Hagenau
Libellus Mart. Lutheri Christum Jesum verum Judaeum et semen esse Abrahae e germ. vers. per J. J. cum epistola Jonae ad And. Remum, Wittenberg 1524
Libellus M. Lutheri de sacramento Eucharistae ad Valdenses fratres e germ. transl. per J. J., Wittenberg 1526
Enarrationes Novae D. M. Lutheri in Jonam propetam Hagenoae, 1530
In Psalm 82 de magistratibus, Wittenberg 1531
Summaria D. M. Lutheri in psalmos Davidis, Wittenberg 1534
De missa privata et nuctione sacerdotum libellus Mart. Luth. e germ. in lat. transl. per J. J., Wittenberg 1534
Liber Jesu Sirach, Wittenberg 1538, Frankfurt 1564, Leipzig 1582
Epistola D. M. Lutheri contra Sabbatarios, Wittenberg 1539
Catechismus pro pueris et iuventute in ecclesiam Marchionum, Wittenberg 1543