Anexo:Software para alineamiento de secuencias

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Esta lista de software para alineamiento de secuencias es una compilación de herramientas software y portales web usados en alineamiento de secuencias de pares y alineamiento múltiple de secuencias. Ver Anexo:Software para alineamiento estructural para alineamiento estructural de proteínas.

Sólo búsquedas en bases de datos

Nombre	Descripción	Tipo de secuencia*	Enlace	Referencia	Año
BLAST	Búsqueda local de k-tuplas (Basic Local Alignment Search Tool)	Ambos	NCBI EBI DDBJ DDBJ (psi-blast) GenomeNet PIR (Sólo proteínas)	[1]​	1990
Extensión combinatoria	Búsqueda de alineamiento estructural	Proteína	servidor
FASTA	Búsqueda local de k-tuplas	Ambos	EBI DDBJ GenomeNet PIR (Sólo proteínas)	[2]​	1985
GGSEARCH / GLSEARCH	Alineamiento con estadística Global:Global (GG), Global:Local (GL)	Proteína	servidor FASTA
HMMER	Búsqueda de perfiles ocultos de Markov	Proteína/ADN	Descargar DDBJ (HMMPFAM)	[3]​[4]​	1998
IDF	Inverse Document Frequency	Ambos	Descargar
Infernal	Búsqueda SCFG de perfil	ARN	Descargar	[5]​	2009
SAM	Búsqueda de perfiles ocultos de Markov	Proteína/ADN	SAM	[6]​	1999
SSEARCH2SEQ	Búsqueda Smith-Waterman (más sensible que FASTA)	Ambos	SSEARCH2SEQ servidor	[7]​[8]​	1991
SWIMM	Búsqueda Smith-Waterman en arquitecturas multicore y manycore de Intel	Proteína	Descargar	[9]​	2015
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido

Alineamiento de pares de secuencias

Nombre	Descripción	Tipo de secuencia*	Tipo de alineamiento**	Enlace	Referencia	Año
ACANA	Alineamiento de secuencias de ADN, diseñada para secuencias que comparten regiones conservadas y/o alta frecuencia de las largas inserciones o deleciones	ADN	Local y global	ACANA	[10]​	2006
BioconductorpairwiseAlignment (paquete Biostrings)	Programación dinámica	ADN y ARN	Local, global y solapamientos (ends-free)	Biostrings	[11]​[12]​	2008
BioPerl dpAlign	Programación dinámica	Ambos	Ambos + Ends-free	sitio web	Y. M. Chan	2003
BLASTZ	Coincidencia de patrones (seeded pattern-matching)	Nucleótido	Local	descargar	[13]​[14]​	2003
DNADot	Herramienta dot-plot basada en web	Nucleótido	Global	servidor	R. Bowen	1998
DOTLET	Herramienta dot-plot basada en Java	Ambos	Global	Dotlet Help sitio web	[15]​	2000
GGSEARCH2SEQ, SSEARCH2SEQ, GLSEARCH	Alineamiento con estadísticas Global:Global (GG), Local:Local (SS), Global:Local (GL)	Proteína	Global y local	GGSEARCH2SEQ servidorSSEARCH2SEQ servidorservidor FASTA	[7]​[8]​	1991
JAligner	Implementación Java de código abierto de Smith-Waterman	Ambos	Local	JWS	[16]​[17]​[18]​	2005
LALIGN	Múltiple, sin solapamiento, similitud local (mismo algoritmo que SIM)	Ambos	Local sin solapamiento	LALIGN servidorLALIGN/PLALIGN servidor FASTA	[19]​[8]​	1991 (algoritmo)
matcher	Needleman optimizado para memoria, pero lenta programación dinámica (basado en LALIGN)	Ambos	Local	servidor	I. Longden (modificado de W. Pearson)	1999
MCALIGN2	Modelos explicites de evolución indel	ADN	Global	servidor	J. Wang et al.	2006
MUMmer	Basado en árboles de sufijos	Nucleótido	Global	descargar	S. Kurtz et al.	2004
needle	Programación dinámica Needleman-Wunsch	Ambos	Global	Needle servidorEBI	[20]​[21]​[8]​	1999
Ngila	Costes de hueco (gap) logarítmicos y modelos explícitos de evolución indel	Ambos	Global	descargar	R. Cartwright	2007
PatternHunter	Concidencia de patrones (seeded pattern-matching)	Nucleótido	Local	descargar	[22]​[23]​	2002-2004
ProbA (also propA)	Muestreo por función de partición estocástica vía programación dinámica	Ambos	Global	descargar	[24]​	2002
PyMOL	El comando "align" alinea las sequencias y lo aplica a la estructura	Proteína	Global (por selección)	PyMOL sitio web oficial	[25]​	2000
REPuter	Basado en árboles de sufijos	Nucleótido	Local	descargar	[26]​	2001
SEQALN	Diferentes programaciones dinámicas	Ambos	Local o Global	servidor	M.S. Waterman and P. Hardy	1996
SIM, GAP, NAP, LAP	Similitud local con tratamientos variables de los gaps	Ambos	Local o global	servidor	X. Huang and W. Miller	1990-6
SIM	Similitud local	Ambos	Local	servidores	X. Huang and W. Miller	1991
SLIM Search	Alineamiento de bloques ultrarrápido	Ambos	Ambos	sitio web	L. Bloksberg	2004
stretcher	Optimizado para memoria, pero lenta programación dinámica	Ambos	Global	Stretcher servidorEBI	[27]​[21]​[8]​	1999
tranalign	Alinea secuencias de ácidos nucléicos dado un alineamiento de proteínas	Nucleótido	NA	servidor	G. Williams (modificado de B. Pearson)	2002
water	Programación dinámica Smith-Waterman	Ambos	Local	Water servidor EBI	[28]​[21]​[8]​	1999
wordmatch	Coincidencia de k-tuplas por pares	Ambos	NA	Documentación	[21]​	1998
YASS	Coincidencia de patrones (seeded pattern-matching)	Nucleótido	Local	servidor descargar	[29]​	2005
*Tipo de secuencia: Proteína o Nucleótido. **Tipo de alineamiento: Local o global

Alineamiento múltiple de secuencias

Nombre	Descripción	Tipo de secuencia*	Tipo de alineamiento Type**	Enlace	Referencia	Año
ABA	Alineamiento A-Bruijn	Proteína	Global	descargar	[30]​	2004
ALE	Alineamiento manual; alguna asistencia software	Nucleótidos	Local	descargar	J. Blandy y K. Fogel	1994 (última versión 2007)
AMAP	Annealing de secuencias	Ambos	Global	servidor	[31]​	2007
BAli-Phy	Alineamientos árbol+multi; probabilísticos/bayesianos; joint estimation	Ambos	Global	WWW+descargar	[32]​[33]​	2006 (última versión 2021)
BoulderALE	Alineamiento, anotación de pares de bases Watson-Crick y no Watson-Crick, y de estructuras secundarias	ARN	Local o Global	BoulderALE	[34]​	2011
COBALT	Alineamiento basado en restricciones de múltiples secuencias de proteínas, con anotación de dominios.	Proteína	Local o global	Linux executable download	[35]​	2007
CodonCode Aligner	Multi-alineamiento; soporte ClustalW y Phrap	Nucleótidos	Local o Global	descargar	P. Richterich et al.	2003 (última versión 2007)
CHAOS/DIALIGN	Alineamiento iterativo	Ambos	Local (preferida)	servidor	[36]​	2004
ClustalW	Alineamiento progresivo	Ambos	Local o Global	descargar EBI DDBJ PBIL EMBNet GenomeNet	[37]​	1994
DIALIGN-TX y DIALIGN-T	Método basado en segmentos	Ambos	Local (preferida) o Global	descargar y servidor	[38]​	2005 (última versión 2008)
ADN Baser	Multi-alineamiento	Ambos	Local o Global + post-proceso	ADN Baser (comercial)	M. Gabriel	publicado en 2005
Ed'Nimbus	Seeded filtration	Nucleótidos	Local	servidor	[39]​	2006
Geneious	Alineamiento progresivo/iterativo; plugin para ClustalW	Ambos	Local o Global	descargar	[40]​	2006 (última versión 2012)
Kalign	Alineamiento progresivo	Ambos	Global	servidorEBI MPItoolkit	[41]​[42]​	2005 (versión más reciente 2019)
MSA	Programación dinámica	Ambos	Local o Global	descargar	[43]​	1989 (modificado 1995)
PRRN/PRRP	Alineamiento iterativo (especialmente refinamiento)	Proteína	Local o Global	PRRP PRRN	Y. Totoki (basado en O. Gotoh)	1991 y posteriores
POA	Modelo oculto de Markov/orden parcial	Proteína	Local o Global	descargar	[44]​	2002
SAM	Modelo oculto de Markov	Proteína	Local o Global	servidor	[45]​[46]​	1994 (versión más reciente 2009)
MAFFT	Alineamiento progresivo/iterativo	Ambos	Local o Global	GenomeNet MAFFT	[47]​	2002
MAVID	Alineamiento progresivo	Ambos	Global	servidor	[48]​	2004
MULTALIN	Programación dinámica/clustering	Ambos	Local o Global	servidor	[49]​	1988
Multi-LAGAN	Alineamiento progresivo por programación dinámica	Ambos	Global	servidor	[50]​	2003
MUSCLE	Alineamiento progresivo/iterativo	Ambos	Local o Global	servidor	[51]​	2004
ProbCons	Probabilístico/consistencia	Proteína	Local o Global	servidor	[52]​	2005
PSAlign	Alineamiento preservando no-heurística	Ambos	Local o Global	descargar	[53]​	2006
SAGA	Alineamiento de secuencias por algoritmo genético	Proteína	Local o Global	descargar	[54]​	1996 (nueva versión 1998)
T-Coffee	Alineamiento progresivo más sensible	Ambos	Local o Global	servidor	[55]​	2000
RevTrans	Combina ADN y alineamiento de proteínas, por traducción inversa de alineamiento de proteínas a ADN.	ADN/Proteína (especial)	Local o Global	servidor	[56]​	2003 (versión más reciente 2005)
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido. **Tipo de alineamiento: Local o global

Análisis genómico

Nombre	Descripción	Tipo de secuencia*	Enlace
SLAM	Predicción de genes, alineamiento, anotación (identificación de homología humano-ratón)	Nucleótido	servidor
Mauve	Alineamiento múltiple de genomas reorganizados	Nucleótido	descargar
MGA	Alineador múltiple de genomas	Nucleótido	descargar
Mulan	Alineamientos múltiples locales de secuencias de tamaño genómico	Nucleótido	servidor
Sequerome	Perfilado de información sobre alineamiento de secuencias recurriendo a los principales servidores/servicios	Nucleótido/péptido	servidor
AVID	Alineamiento global por pares con genomas completos	Nucleótido	servidor
SIBsim4 / Sim4	Programa diseñado para alinear una secuencia expresada de ADN con una secuencia genómica, permitiendo intrones	Nucleótido	descargar
Shuffle-LAGAN	Alineamiento glocal de pares de regiones de genoma completas	Nucleótido	servidor
ACT (Artemis Comparison Tool)	Sintenía y genómica comparativa	Nucleótido	servidor
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido

Predicción de motivos

Nombre	Descripción	Tipo de secuencia*	Enlace	Referencia	Año
BLOCKS	Identificación de motivos sin huecos en la base de datos BLOCKS	Ambos	servidor
DREME	Identificación ab initio de motivos de sitios de unión de factores de transcripción al ADN en eucariotas. Diseñado para datos de ChIP-Seq. Obsoleto desde 2021; sustituido por STREME	ADN	servidor	[57]​	2011
eMOTIF	Extracción e identificación de motivos cortos	Ambos	servidors
Gibbs motif sampler	Extracción estocástica de motivos por probabilidad estadística	Ambos	servidor (una de varias implementaciones)	[58]​[59]​	1995 (última versión 2003)
I-sites	Biblioteca de motivos estructurales locales	Proteína	servidor
MAST	Búsqueda y descubrimiento de motivos mediante la búsqueda de coincidencias entre una secuencia y un conjunto de motivos conocidos	Ambos	servidor	[60]​	1998
MEME	Búsqueda y descubrimiento de motivos	Ambos	servidor	[61]​[62]​	1995
PHI-Blast	Búsqueda de motivos y herramienta de alineamiento	Ambos	servidor
PRATT	Generación de patrones para usar con ScanProsite	Proteína	servidor	[63]​[64]​	1995 (última versión 1997)
ScanProsite	Herramienta de búsqueda de motivos en base de datos	Proteína	servidor	[65]​	2006
STREME	Identificación ab initio de motivos	Ambos	servidor	[66]​	2021
TEIRESIAS	Extracción de motivos y búsqueda en base de datos	Ambos	servidor	[67]​	1998
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido

Benchmarking

Nombre	Enlace	Autores
BAliBASE	descargar	Thompson, Plewniak, Poch
HOMSTRAD	descargar	Stebbings, Mizuguchi
Oxbench	descargar	Raghava, Searle, Audley, Barber, Barton
PFAM	descargar
PREFAB	descargar	Edgar
SABmark	descargar	Van Walle, Lasters, Wyns
SMART	descargar	Letunic, Copley, Schmidt, Ciccarelli, Doerks, Schultz, Ponting, Bork

Visualizadores

Jalview es un visualizador de alineamientos múltiples de secuencias, que se usa para integrar los resultados de una predicción de estructura secundaria vía el servidor web JPred, con un alineamiento múltiple de secuencias dado como entrada o derivado durante la ejecución del algoritmo.

Referencias

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Enlaces externos

• Pollard et al. (2004) (Texto completo libre de PubMed Central): los autores discuten LAGAN, CHAOS, y Dialign como las más efectivas herramientas comprobadas para determinados usos.

Véase también

• Alineamiento de secuencias
• Alineamiento múltiple de secuencias
• Anexo:Software para alineamiento estructural