Fue fundada el 9 de julio de 1888 por Liberato Aguirre y María Cery de Garaghan quienes donan parte de sus tierras al Estado provincial para obtener que el ferrocarril pasase por sus propiedades. El nombre original "Pueblo Aguirre" fue reemplazado por "Arroyo Seco".
Se hizo ciudad el 12 de abril de 1962.
"LA MATANZA": sinónimo de "matadero". Refleja la actividad desarrollada en la zona, ya que partidas de cuereadores acamparon en estos lugares. Sin embargo, también se atribuye esta denominación al hecho de que en esta zona fue muerto por los indios don Juan de Garay(fundador de Santa Fe y Buenos Aires)y sus acompañantes en 1583.
"PAGO DE LOS ARROYOS": procede del hecho de ser una zona de numerosos cursos de agua. Sin embargo, estos cursos no eran "arroyos" sino barrancones formados por el desagüe de los campos cuando llovía.
"POSTA DE SAN MARTÍN": en conmemoración al paso del Gral. San Martín y su Ejército Argentino en camino a la "Batalla de San Lorenzo".
"PUEBLO AGUIRRE": en reconocimiento a sus fundadores, quienes donaron gratuitamente los solares necesarios e hicieron todas las erogaciones necesarias para la definitiva construcción del pueblo. Además, de haber realizado, posteriormente, grandes esfuerzos y sacrificios para promover su progreso.
"ARROYO SECO": al breve e inestable arroyito que nace en las inmediaciones de Villa Amelia y corre de sudoeste a noreste hasta verter sus aguas en el caudaloso Paraná, le corresponde el padrinazgo con su nombre de la posta al distrito, de la estación ferroviaria, de la colonia y finalmente del pueblo al desplazarle a este el primitivo nombre de Pueblo Aguirre. Así, someramente, recordamos que el ínfimo curso de agua que apenas alcanza en su recorrido los 12 km vino a dar nombre a una de las más dinámicas ciudades del viejo "Pago de Los Arroyos."
Su clima es húmedo y templado en la mayor parte del año. Se lo clasifica como clima templado pampeano, es decir que las cuatro estaciones están medianamente definidas.
Hay una temporada calurosa desde octubre a abril (de 18 °C a 36 °C) y una fría entre principios de junio [1] y la primera mitad de agosto (con mínimas en promedio de 5 °C y máximas promedio de 16 °C), oscilando las temperaturas promedio anuales entre los 10 °C (mínima), y los 23 °C (máxima). Llueve más en verano que en invierno, con un volumen de precipitaciones total de entre 800 y 1300 mm al año (según el hemiciclo climático: húmedo "1870 a 1920" y "1973 a 2020"; seco "1920" a 1973").
Casi no existen (de baja frecuencia) fenómenos climáticos extremos en Arroyo Seco: vientos extremos, nieve, hidrometeoros severos. La nieve es un fenómeno excepcional; la última nevada fue en 2007, la penúltima en 1973; y la antepenúltima en 1918. El 9 de julio de 2007, nevó en la localidad.
Un riesgo factible son los tornados y tormentas severas, con un pico de frecuencia entre octubre y abril. Estos fenómenos se generan por los encuentros de una masa húmeda y cálida del norte del país y una fría y seca del sector sur argentino.
El último terremoto fue a las 3.20 UTC-3 del 5 de junio de 1888 (ver Terremoto del Río de la Plata en 1888). La región responde a las subfallas «del río Paraná», y «del río de la Plata», y a la falla de «Punta del Este», con sismicidad baja; y su última expresión se produjo hace 136 años, con una magnitud aproximadamente de 4,5 en la escala de Richter[1]
↑Carlos Sánchez, presidente del Concejo Deliberante, asumió el 14 de octubre de 2007 la intendencia interina, debido a la enfermedad y posterior fallecimiento el 30 de octubre de 2007 del Sr. Pedro Spina