Los faringotremas son órganos de alimentación por filtración que se encuentran en cordados no vertebrados (cefalocordados y urocordados), y hemicordados que viven en ambientes acuáticos. Son segmentos repetidos ubicados en la faringe del animal, teniendo algunas especies de hemicordados hasta 200.[1] Los faringotremas están temporalmente presente en las etapas embriónicas de desarrollo de los tetrápodos. La presencia de hendiduras similares a farigotremas en el cuello de los embriones humanos llevó a Ernst Haeckel a postular la Teoría de la Recapitulación; que, aunque falsa, contenía elementos de verdad en ella, tal como fue explorado por Stephen Jay Gould en Ontogenia y Filogenia.[2] Sin embargo, es aceptado en la actualidad que los faringotremas son homólogos con las bolsas faríngeas y no con las hendiduras del cuello.
En los vertebrados los arcos faríngeos derivan de las tres capas germinales.[3] Las células de la cresta neural entran en estos arcos donde contribuyen con características craniofaciales, como hueso y cartílago.[3] Sin embargo, la existencia de estructuras faríngeas previas a la evolución de las células de la cresta neural es indicada por la existencia de mecanismos del desarrollo del arco neural independientes de estas.[4] El primero arco faríngeo, más anterior, da origen a la mandíbula oral. El segundo da lugar Hioides.[3] En los peces el resto de arcos posteriores contribuyen al esqueleto branquial, que da soporte a las branquias; en los tetrápodos los arcos anteriores dan lugar a componentes de los oídos, amígdalas y el timo.[5] La base genética del desarrollo de los arcos está bien caracterizada. Se ha comprobado que los genes HOX y otros relacionados con el desarrollo embrionario, como los DLX son importantes para el desarrollo de los patrones anterior/posterior y dorsal/ventral de los arcos faríngeos.[6] De forma interesante, algunos peces tienen sus mandíbulas en su garganta, conocidas como mandíbulas faríngeas, que se desarrollan usando los mismos caminos genéticos involucrados en la formación de las mandíbulas orales.[7]
La presencia de faringotremas en hemicordados llevó a debates sobre si éstas eran homólogas a las hendiduras encontradas en los cordados, o eran el resultado de evolución convergente.[8] Con el posicionamiento de los hemicordados y equinodermos como grupos hermanos de los cordados han surgido hipótesis que sugieren que los faringotremasse encontraban presentes sus antepasados deuteróstomos.[9] Extrañamene algunos taxones extintos de equinodermos no poseen estructuras faríngeas, aunque la evidencia fósil revela que los antepasados de os equinodermos poseían estructuras similares a las agallas.[10] En análisis genético y comparativo del desarrollo de estas estructuras faríngeas entre los hemicordados y urocordados han revelado datos importantes sobre la evolución del plan corporal del deuteróstomo.[11] La biología molecular comparativa ha revelado que los genes PAX1/9 (que codifican los factores de trascripción) son expresados en patrones similares entre hemicordados y urocordados; En los vertebrados Pax 1 y Pax 9 son expresados en las bolsas faríngeas y son importantes en el desarrollo del timo.[12] De manera interesante, la aplicación de un exceso de ácido retinoico en vertebrados resulta en anormalidades faríngeas, y en el cefalocordado Branchiostoma lanceolatum resulta en la ausencia de faringotremas, sugiriendo que el ácido retinoico actúa con el mismo mecanismoen ambos.[13] Estos estudios indican que los faringotremas encontrados en hemicordados y cordados son homólogos desde un punto de vista molecular.