CM.170 Magister: tres prototipos, equipados con turborreactores Marboré II de 400 kg de empuje unitario; seguidos por diez aviones de preserie con refinamientos de detalle y capacidad de armas.
CM.170-1 Magister: primera versión de serie con motores Turbomeca Marboré IIA; 761 en total, incluidos 188 en Alemania Occidental, 62 en Finlandia y 50 en Israel.
CM.170-2 Super Magister: versión modernizada con motores Marboré VI de 4,7 kN (1,055 lbf) de empuje cada uno, 137 fabricados.
CM.170M Esquif: designación original para el CM.175 Zéphyr.
CM.171 Makalu: versión con el fuselaje alargado, motores Turbomeca Gabizo de 10,8 kN (2,422 lbf) de empuje cada uno.
CM.173 Super Magister: con motores Marboré Super VI de 5,1 kN (1,143 lbf) de empuje cada uno y asientos eyectables. 137 fabricados. Voló en Francia, Irlanda y el Líbano.
CM.175 Zéphyr: versión naval con gancho de apontaje para la Marina Francesa; 32 fabricados.
IAI Tzukit o AMIT Fouga: versión de la Fuerza Aérea Israelí con puntos de anclaje para armamento.
Fouga 90/90A: nuevo diseño previsto como reemplazo, con turbohélices Turbomeca Astafan de 7,6 kN (1,715 lbf) de empuje cada uno, cabina reformada para mejorar la visibilidad y aviónica mejorada. No se hizo ningún pedido.