La Santa Sede y Guatemala establecieron relaciones diplomáticas en 1869 con la institución de una delegación apostólica. La Nunciatura apostólica por su parte fue instituida el 15 de marzo de 1936 con el breveA munus Nobis de papa Pio XI.
Desde el año 2013 el nuncio apostólico es Nicolas Henry Marie Denis Thevenin, arzobispo titular de Eclano.
Albert Levame † (15 de marzo de 1936 - 12 de noviembre de 1939 nombrado nuncio apostólico en Uruguay)
Giuseppe Beltrami † (20 de febrero de 1940 - 15 de noviembre de 1945 nombrado nuncio apostólico en Colombia)
Giovanni Maria Emilio Castellani, O.F.M. † (18 de diciembre de 1945 - 23 de agosto de 1951 nombrado officiale de la Segreteria de Estado de la Santa Sede)
Gennaro Verolino † (5 de septiembre de 1951 - 25 de febrero de 1957 nombrado nuncio apostólico en Cuesta Rica)
Giuseppe Paupini † (25 de febrero de 1957 - 23 de mayo de 1959 nombrado nuncio apostólico en Colombia)
Ramiro Moliner Inglés (10 de mayo de 1997 - 17 de enero de 2004 nombrado nuncio apostólico en Etiopía y Gibuti y delegado apostólico en Somalia)
Bruno Musarò (10 de febrero de 2004 - 5 de enero de 2009 nombrado nuncio apostólico en Perú)
Paul Richard Gallagher (19 de febrero de 2009 - 11 de diciembre de 2012 nombrado nuncio apostólico en Australia)
Nicolas Henry Marie Denis Thevenin, (5 de enero de 2013 - 4 de noviembre de 2019 nombrado nuncio apostólico en Egipto y delegado apostólico en la Liga Árabe)