Su padre, Harmen Jansz Muller (1540-1617) era impresor, editor, grabador y marchante de arte. Con él aprendió grabado.
El joven Muller se desplazó a Praga, la corte de Rodolfo II, donde entró en contacto con el manierismo de Hans von Aachen, Bartholomeus Spranger y Adriaen de Vries (a cuya familia estaba vinculado por matrimonio). En 1597 se convirtió en grabador de la corte imperial. Pasó a Italia, donde intentó alguna gestión de compra de arte para Rodolfo II, sin éxito. Entre 1594 y 1602 estuvo en Roma y Nápoles. A su vuelta a Ámsterdam, se ocupó del taller de su padre, que había fallecido.[1]
↑Nicolaas de Roever, Jan Harmensz. Muller, Oud Holland, 1885; 3(1): 266-275b(10) E.K.J. Reznicek, Jan Harmensz Muller als tekenaar, Nederlands Kunsthistorisch Jaarboek 7, 1956 Jan Piet Filedt Kok, E. Hinterding, J. van der Waals, Jan Harmensz. Muller as printmaker - II in Print Quarterly, 1994; 11: 351-378