Su nombre completo era Marguerite Gabrielle Courtot, y nació en Summit, Nueva Jersey, en el seno de una familia de ascendencia francesa.[1] En sus inicios modelo infantil, en junio de 1912, antes de cumplir los quince años de edad, entró en la Kalem Company, debutando en marzo de 1913 con The War Correspondent, bajo dirección de Robert G. Vignola. Ese mismo año participó en The Riddle of the Tin Soldier, junto a Alice Joyce y Harry F. Millarde, actor que rodaba su primera película. Desde entonces hasta 1916, Courtot rodó 37 producciones para Kalem, siendo la protagonista de The Ventures of Marguerite, un serial cinematográfico de aventuras rodado en dieciséis episodios.
Tras la fusión de Kalem Company con Vitagraph Studios, Courtot trabajó en la cinta de Gaumont Film CompanyThe Dead Alive, dirigida por Henri J. Vernot. Tras varias películas con Jesse L. Lasky Famous Players Film Company y con otros pequeños estudios independientes, Marguerite Courtot dedicó casi todo el año 1918 a viajar por el país promocionando el esfuerzo bélico que Estados Unidos llevaba a cabo en Europa durante la Primera Guerra Mundial. Finalizada la contienda volvió al cine, trabajando para Pathé. Aunque tuvo papeles protagonistas, también hizo destacadas actuaciones de reparto, como fue el caso de los seriales The Sky Ranger, con June Caprice, y The Yellow Arm, protagonizado por Juanita Hansen.
En 1922, trabajando en Down to the Sea in Ships, su más importante largometraje, Courtot inició una relación sentimental con su compañero de reparto, Raymond McKee. Se casaron el 23 de abril de 1923 y, después de rodar otras dos producciones, ella se retiró del cine para dedicarse a su familia con McKee. El matrimonio duró hasta el momento de la muerte de él, ocurrida sesenta años después, en el año 1984. Courtot falleció en 1986 en Long Beach, California. La pareja fue enterrada en el Cementerio Nacional Riverside, en Riverside, California.[2]