Aglükoon on glükosiidi mittesahhariidne koostisosa, mida sahhariidiga seob glükosiidside.
Aglükoon võib olla näiteks alkohol, karboksüülhape või fenool.
Laiemas mõttes nimetatakse aglükooniks ka näiteks glükoproteiini või glükolipiidi mittesahhariidset koostisosa.
Tavaliselt on sellistes ühendites bioloogiliselt aktiivsed just aglükoonid.