Apollonia asutasid umbes 600 eKr Vana-Kreeka kolonistid Korinthosest ja võib-olla ka Korkyrast kauplemiskohane kohalike illüürlaste[2] kutsel suuremalt jaolt maha jäetud rannikualal. See oli võib-olla kõige olulisem paljudest klassikalistest Apollonia-nimelistest linnadest. Korinthose koloniaalpoliitika näib olevat olnud suhteliselt liberaalne ja keskendunud rohkem ressursside kaevandamisele, et toetada kasvavat Korinthose elanikkonda, mitte kohaliku illüüria elanikkonna ekspluateerimisele või väljasaatmisele.[3] Apollonia saavutas järk-järgult poliitilise iseseisvuse Korinthosest ning muutus oligarhilise süsteemiga poliseks. Aristotelese sõnul valitses Apollonia oligarhias kohaliku illüüria elanikkonna üle väike kreeka eliitklass, mis suuresti põlvnes algsetest kolonistidest.[4]
Apollonia õitses Rooma ajastul. 2. sajandist eKr sai sellest Rooma armee oluline sõjaline peatuspaik.[5] Seal tegutsesid ka mainekas filosoofiakoolkond ja heal tasemel kultuurikeskus; vabariikliku perioodi lõpuks sai sellest oluline kreeka keele õppimise keskus. Apollonia maine meelitas sinna õppureid impeeriumi muudestki osadest, nii õppis seal näiteks Augustus, kellest sai esimene Rooma keiser.[6][5] Linna tähtsus hakkas hääbuma 3. sajandil pKr, kui sadam maavärina tagajärjel muda täis valgus. Linn jäeti maha 4. sajandil pKr.[7]
↑ 5,05,1Stocker, 2009, p. 5-6: "In the 2nd century B.C., Apollonia became an important military staging ground and by the end of the Roman Republican period the city had become a major center of Greek learning. Its reputation in this regard was such that the young Octavian was studying there when, in 44 B.C., he learned that Julius Caesar had died, naming him heir"
McIlvaine, Britney Kyle; Schepartz, Lynne A.; Larsen, Clark Spencer; Sciulli, Paul W. (2013). "Evidence for Long-Term Migration on the Balkan Peninsula Using Dental and Cranial Nonmetric Data: Early Interaction Between Corinth (Greece) and its Colony at Apollonia (Albania)". American Journal of Physical Anthropology. Wiley Periodicals. 153 (2): 236–248. DOI:10.1002/ajpa.22425. PMID24227263.
Kyle, B.; Schepartz, L. A.; Larsen, C. S. (2016). "Mother City and Colony: Bioarchaeological Evidence of Stress and Impacts of Corinthian Colonisation at Apollonia, Albania". International Journal of Osteoarchaeology. John Wiley & Sons, Ltd. 26 (6): 1067–1077. DOI:10.1002/oa.2519.