Bioinformaatikas on FASTQ formaat laiendus originaalsest FASTA formaadist, mis sisaldab lisainformatsiooni aminohapete või nukleotiidide järjestuse kohta. See on kõige tavalisem väljundformaat sekvenaatoritest. FASTQ formaat on sarnane FASTA formaadile, ent esinevad teatud erinevused süntaksis ja FASTQ formaadis on integreeritud ka kvaliteediskoor.[1] Kvaliteediskoor igale alusele saadakse PHRED tarkvara abil, mille ühik on logaritmiliselt seotud vea tõenäosusega. Et kvaliteediskoor oleks kergelt loetav ja töödeldav, kasutatakse PHRED puhul ASCII karaktereid. [2]
Iga järjestus peab sisaldama vähemalt 4 rida:
1- Järjestuse päis (kirjelduse rida), kus kasutatakse “>” asemel “@”
2- Teine rida on järjestus
3- Kolmas rida algab tavaliselt “+” sümboliga ning võib uuesti sisaldada järjestuse identifikaatorit (kuid tavaliselt mitte)
4- Neljandal real on kvaliteediskoorid [1]
Näide FASTQ formaadis järjestusest: [3]
@MM123:002:FC123AB:3:2208:3330:9840 2:Y:18:ATCACG
AGGATACTAGCATAGATACCCTAGATAGTCATAGATCATGATAGGGAGATCTA
+
IJJJJJJIIIIIJIIIIIFFEEEEEEDDDDDDCABBBBB@@00))))*(*&%!
{{ajakirjaviide}}
: CS1 hooldus: PMC vormistus (link)