Fabian Frei (sündinud 17. mail 1989 Frauenfeldis) on Šveitsi jalgpallur, kes mängib Šveitsi rahvuskoondises ja Šveitsi kõrgliig klubis FC Basel poolkaitsjana.
Ta on Baselis mänginud suurema osa klubikarjäärist. Baseli põhimeeskonnas debüteeris ta 2007. aastal. Baseliga on ta tulnud viis korda Šveitsi meistrks. Aastatel 2009–2011 mängis ta laenul klubis FC St. Gallen. Aastatel 2015–2018 mängis ta Saksamaa kõrgliiga klubis 1. FSV Mainz 05.
Ta ei ole Alexander Frei sugulane.