Ponferradina 1922an sortu zen eta lehenengo presidentea Rogelio López Boto izan zen. Beti egon da El Bierzo eskualdearekin oso konprometitua. Dirurik ez zuenez lehenengo futbol zelaia Tenplarioen gaztweluaren barnean izan zuen. Berehala bihurtu zen eskualdeko eta Gaztelako puntako taldea eta hainbat eskualde txapelketa irabazi zituen.
40. hamarkadan Asturiasko federazioan sartu zen eta garai hartan hirugarren mailan jokatu zituen partidak. 50 eta 60. hamarkadetan hainbat aldiz jokatu zituen bigarren B mailara igotzeko kanporaketak baina ez zuen arrakastarik izan. Arazo ekonomikoen erruz 1974an Erregional mailara jeitsi zen eta futbol zelaia bera ere saldu beharra izan zuen.
1987an azkenean lortu zuen bigarren B mailara igotzea. Hurrengo urteetan Kopa txapelketan lehen mailako taldeen aurka jokatzeko aukera izan zuen. 1994ean hala ere berriz egoera ekonomiko latzaren erruz hirugarren mailara jeitsi eta taldea desagertzear egon zen. Azken uneko mirari batek lortu zuen taldeak bizirik irautea.
1999an bigarren B mailara itzuli zen eta 2005ean txapeldun izan ondoren igoera play-offak jokatu zituen baina ez zuen igotzerik lortu. Hurrengo urtean bai ordea, ligarren laugarren baino egin ez zuen arren. 2006-07 izan zen beraz Ponferradinak bigarren mailan jokatu zuen lehen denboraldia. 19. postuan gelditu zen ordea eta ezin izan zion mailari eutsi. 2010an berriz lortu zuen igoera, beriz urtebeterako. 2012koa du oraingoz azken igoera, oraingoan lortu zuen mantentzea.
Urtez urte maila hobetzen joan zen eta 2014-15 denboraldian 7. postuan gelditu zen, igoera play-offetik puntu bakarrera. 2015-16an ordea larriago ibili zen eta azken jardunaldian maila galdu zuen. Bi denboraldi egin zituen 2.B mailan eta 2019an berriz igotzea lortu zuen. 2019-20an larri ibili zen eta 18. postua eginez mantentzea lortu zuen.