فست ای (به انگلیسی: FASTA) یک پکیج نرم‌افزاری همترازسازی توالی پروتئین و دی ان ای است که برای نخستین بار به نام (FASTP) توسط David J. Lipman و William R. Pearson در سال ۱۹۸۵[۱] معرفی گردید. میراث آن فرمت فست ای است، که امروزه در همه جای علم بیوانفورماتیک مشهود می‌باشد.
نخستین بار برنامه FASTP جهت بررسی تشابه توالی پروتئینی نوشته شد. فست ای این توانایی را داشت که جستجوی دی ان ای:دی ان ای و همچنین جستجوی پروتئین ترجمه شده:دی ان ای را انجام دهد، همچنین برنامه پیچیده تری جهت ارزیابی اهمیت آماری آن ارائه نمود.[۲] این بسته نرم‌افزاری شامل برنامه‌های مختلف می‌باشد که امکان همترازسازی رشته‌های پروتئینی و دی ان ای را می‌دهد.
فست ای "fast A" تلفظ شده و همچنین به آن "FAST-All" هم گفته می‌شود، بدین دلیل که این زبان برنامه نویسی قابلیت کار با کلیه حروف الفبایی را دارد. این برنامه دارای دو ورژن الحاقی از "FAST-P" (همترازی پروتئین) و "FAST-N" (همترازی نوکلئوتید)، می‌باشد. بسته نرم‌افزاری فست ای که هم‌اکنون مورد استفاده قرار می‌گیرد شامل برنامه‌هایی برای جستجوی پروتئین:پروتئین، دی ان ای:دی ان ای، پروتئین:دی ان ای ترجمه شده(همراه با تغییرات محتوا) و جستجوی پپتیدهای آرایش یافته و آرایش نیافته، می‌باشد. نسخه‌های نهایی فست ای شامل الگوریتمهای جستجوی ویژه‌ای می‌باشد که جهت تصحیح خطاهای تغییر محتوا، هنگام بررسی توالی داده پروتئین با نوکلئوتید، مورد استفاده قرار می‌گیرد.
علاوه بر این جهت افزایش سرعت روش‌های جستجوی اکتشافی(heuristic search)، بسته نرم‌افزاری فست ای مجهز به (SSEARCH)ابزاری برای بهینه سازی الگوریتم اسمیت واترمن می‌باشد.
بیشترین تمرکز این بسته نرم‌افزاری بر روی صحت آمار مشابه می‌باشد، بنابراین زیست شناسان براحتی می‌توانند در مورد اینکه یک همترازی به صورت اتفاقی حاصل شده یا ممکن است به واسطه هومولوژی باشد، اظهار نظر نمایند. این بسته نرم‌افزاری هم‌اکنون در fasta.bioch.virginia.edu موجود می‌باشد.
پایگاه اینترنتی web-interface، جهت ثبت توالی‌ها برای جستجوی پایگاه داده‌های آنلاین European European Bioinformatics Institute (EBI)'s در دسترس بوده و همچنین قابلیت استفاده از برنامه‌های فست ای بر روی این وبگاه، امکان‌پذیر می‌باشد. FASTA file format به عنوان ورودی این نرم‌افزار، امروزه در مقیاس وسیعی توسط دیگر ابزارات جستجوی پایگاه داده توالی(مانند بلاست) یا برنامه‌های همترازسازی توالی(مانند کلاستال, تی-کافی و...) مورد استفاده قرار می‌گیرد.
فست ای یک نوکلئوتید یا یک رشته آمینو اسید را به عنوان ورودی دریافت کرده و به کمک همترازسازی محلی توالی داده ی ورودی و توالی‌هایی که در پایگاه داده هستند، تشابهات توالی‌های متعلق به پایگاه داده‌های یکسان را پیدا کند.
برنامه فست ای از یک روش Heuristic بسیار گسترده پیروی می‌نماید که سرعت اجرای برنامه را بسیار ارتقا داده‌است. روش کار بدین صورت است که برنامه ابتدا یک الگو برای شناخت کلمات در نظر می‌گیرد سپس بر اساس طول جمله، کلمات متناظر با هم را تفکیک می‌نماید سپس کلماتی را که داری بیشتر احتمال تناظر هستند را (قبل از اجرای بیشتر یک جستجوی بهینه‌سازی زمانگیر با استفاده از الگوریتم Smith-Waterman ) علامت می زند.
سایز لغت ورودی که با تحت عنوان ktup نامگذاری می‌شود، تعیین‌کننده سرعت و حساسیت اجرای برنامه می‌باشد.
]
تفاوتهایی بین fastn و fastp وجود دارد که به دلیل نوع رشته‌هایی است که مورد استفاده قرار می‌گیرد. با وجود این هر دوی آن‌ها دارای چهار مرحله هستند و هر دوی آن‌ها از سه امتیازبندی جهت توصیف و قالب بندی کردن نتایج تشابه توالی‌ها استفاده می‌کنند.که عبارتند از:
مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «FASTA». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی.