نرم‌افزارهای هم‌ترازسازی توالی

فهرست نرم‌افزارهای هم‌ترازسازی مجموعهٔ نرم‌افزارها و وب‌گاه‌هایی است که در هم‌ترازسازی دوبه‌دو و چندتایی توالی‌ها استفاده می‌شوند.

جستجوی پایگاه داده

[ویرایش]
نام توضیحات نوع توالی* سازندگان سال
BLAST جستجوی محلی با استفاده از k-tuple هردو Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ[۱] ۱۹۹۰
FASTA جستجوی محلی با استفاده از k-tuple (کندتر اما حساس‌تر از BLAST) هر دو
HMMER جستجوی محلی و سراسری با استفاده از مدلهای مخفی مارکوف (حساس‌تر از PSI-BLAST) هر دو Durbin R, Eddy SR, Krogh A, Mitchison G[۲] ۱۹۹۸
HH-suite مقایسهٔ دوبه‌دوی مدلهای مخفی مارکوف (بسیار حساس) پروتئین Söding J[۳][۴] ۲۰۰۵/۲۰۱۲
PSI-BLAST جستجوی محلی با استفاده از ماتریس وزن موقعیت خاص (بسیار حساس‌تر از BLAST) پروتئین Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ[۵] ۱۹۹۷

*نوع توالی: پروتئین یا نوکلئوتید

هم‌ترازسازی دوبه‌دو

[ویرایش]
نام توضیحات نوع توالی* نوع هم‌ترازسازی** سازندگان سال
Bioconductor Biostrings::pairwiseAlignment برنامه‌نویسی پویا هردو هردو + پایان-آزاد P. Aboyoun ۲۰۰۸
BioPerl dpAlign برنامه‌نویسی پویا هردو هردو + پایان-آزاد Y. M. Chan ۲۰۰۳
DNASTAR Lasergene Molecular Biology Suite نرم‌افزار هم‌ترازسازی توالی‌های دی‌ان‌ای، آران‌ای و پروتئین به وسیله الگوریتم‌های هم‌ترازسازی دوبه‌دو و چندتایی شامل MUSCLE, Mauve, MAFFT, Clustal Omega, Jotun Hein, Wilbur-Lipman, Martinez Needleman-Wunsch, Lipman-Pearson و تحلیل Dotplot هردو هردو DNASTAR ۱۹۹۳–۲۰۱۶
JAligner نرم‌افزار متن‌باز جاوا (زبان برنامه‌نویسی) با استفاده از الگوریتم اسمیت واترمن هردو محلی A. Moustafa ۲۰۰۵
PatternHunter تطبیق الگو نوکلئوتید محلی B. Ma et al.[۶][۷] ۲۰۰۲–۲۰۰۴
YASS تطبیق الگو نوکلئوتید محلی L. Noe and G. Kucherov[۸] ۲۰۰۴

*نوع توالی: پروتئین یا نوکلئوتید **نوع هم‌ترازسازی: محلی یا سراسری

هم‌ترازسازی چندتایی

[ویرایش]
نام توضیحات نوع توالی* نوع هم‌ترازسازی** سازندگان سال مجوز
BAli-Phy درخت، احتمال بیضی، تخمین توأم هر دو + کدون سراسری BD Redelings and MA Suchard ۲۰۰۵ (آخرین نسخه ۲۰۱۸) رایگان, GPL
CodonCode Aligner پشتیبانی ClustalW و PHRAP نوکلئوتید محلی یا سراسری P. Richterich و همکاران ۲۰۰۳ (آخرین نسخه ۲۰۰۹)
Compass مقایسهٔ چند هم‌ترازسازی توالی پروتئین با استفاده از اهمیت آماری Protein Global R.I. Sadreyev, و همکاران ۲۰۰۹
DECIPHER هم‌ترازسازی پیشرونده-تکرار شونده هردو سراسری Erik S. Wright 2014 رایگان, GPL
MAVID هم‌ترازسازی پیشرونده هردو سراسری N. Bray and L. Pachter ۲۰۰۴
Stemloc هم‌ترازسازی چندتایی و پیشبینی ساختار دوم آران‌ای محلی یل سراسری I. Holmes ۲۰۰۵ رایگان, GPL 3 (parte de DART)
T-Coffee حساس‌تر از هم‌ترازسازی پیشرونده هردو محلی یا سراسری C. Notredame et al. ۲۰۰۰ (جدیدترین نسخه ۲۰۰۸) رایگان, GPL 2

*نوع توالی: پروتئین یا نوکلئوتید. **نوع هم‌ترازسازی: محلی یا سراسری

هم‌ترازسازی توالی کوتاه-خوانش

[ویرایش]
نام توضیحات گزینهٔ جفت-پایان استفاده از کیفیت FASTQ شکافدار چند-ریسه‌ای مجوز ارجاع سال
BFAST مبادلهٔ صریح دقت و زمان با تخمین دقت از قبل توسط نمایه‌سازی توالی‌های مرجع. فشرده سازی بهینهٔ نمایه‌ها. توانایی رسیدگی به میلیاردها خوانش. توانایی رسیدگی به درج، حذف، SNPها و خطاهای رنگ. انجام کامل الگوریتم اسمیت واترمن آری, ریسه‌های پازیکس رایگان, GPL [۹] ۲۰۰۹
BLAT ساخته شده توسط Jim Kent. توانایی رسیدگی به یک عدم تطابق در مرحله ابتدایی آری, سرویس‌دهنده-کاربر مالکیتی, رایگان‌افزار جهت استفاده غیرتجاری و تحصیلی [۱۰] ۲۰۰۲
Bowtie از یک تبدیل باروز-ویلر برای ساختن یک نمایهٔ دائمی و قابل استفاده مجدد از ژنوم استفاده می‌کند. بیش از ۲۵ میلیون خوانش را در یک ساعت بر حسب زمان پردازنده همتراز می‌کند. ار سیاست‌های همترازسازی همانند Maq و SOAP پشتیبانی می‌کند. آری آری نه آری, ریسه‌های پازیکس رایگان, Artistic [۱۱] ۲۰۰۹
UGENE واسط بصری برای BWA و Bowtie و یک هم‌ترازساز تعبیه شده آری آری آری آری رایگان, GPL

منابع

[ویرایش]
  1. ↑ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ; Gish; Miller; Myers; Lipman (October 1990). "Basic local alignment search tool". Journal of Molecular Biology. 215 (3): 403–10. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712.{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:نام‌های متعدد:فهرست نویسندگان (link)
  2. ↑ Durbin, Richard; Eddy, Sean R.; Krogh, Anders; Mitchison, Graeme, eds. (1998). Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge, UK: Cambridge University Press. ISBN 978-0-521-62971-3.[کدام صفحه؟]
  3. ↑ Söding J (April 2005). "Protein homology detection by HMM-HMM comparison". Bioinformatics. 21 (7): 951–60. doi:10.1093/bioinformatics/bti125. PMID 15531603.
  4. ↑ Remmert, Michael; Biegert, Andreas; Hauser, Andreas; Söding, Johannes (2011-12-25). "HHblits: lightning-fast iterative protein sequence searching by HMM-HMM alignment". Nature Methods. 9 (2): 173–175. doi:10.1038/nmeth.1818. hdl:11858/00-001M-0000-0015-8D56-A. ISSN 1548-7105. PMID 22198341.
  5. ↑ Altschul SF; Madden TL; Schäffer AA; et al. (September 1997). "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs". Nucleic Acids Research. 25 (17): 3389–402. doi:10.1093/nar/25.17.3389. PMC 146917. PMID 9254694. {{cite journal}}: Unknown parameter |name-list-format= ignored (|name-list-style= suggested) (help)
  6. ↑ Ma, B.; Tromp, J.; Li, M. (2002). "PatternHunter: faster and more sensitive homology search". Bioinformatics. 18 (3): 440–445. doi:10.1093/bioinformatics/18.3.440. PMID 11934743.
  7. ↑ Li, M.; Ma, B.; Kisman, D.; Tromp, J. (2004). "Patternhunter II: highly sensitive and fast homology search". Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2 (3): 417–439. CiteSeerX 10.1.1.1.2393. doi:10.1142/S0219720004000661. PMID 15359419.
  8. ↑ Noe L, Kucherov G; Kucherov (2005). "YASS: enhancing the sensitivity of DNA similarity search". Nucleic Acids Research. 33 (suppl_2): W540–W543. doi:10.1093/nar/gki478. PMC 1160238. PMID 15980530.
  9. ↑ Homer, Nils; Merriman, Barry; Nelson, Stanley F. (2009). "BFAST: An Alignment Tool for Large Scale Genome Resequencing". PLOS ONE. 4 (11): e7767. doi:10.1371/journal.pone.0007767. PMC 2770639. PMID 19907642.
  10. ↑ Kent, W. J. (2002). "BLAT---The BLAST-Like Alignment Tool". Genome Research. 12 (4): 656–664. doi:10.1101/gr.229202. ISSN 1088-9051. PMC 187518. PMID 11932250.
  11. ↑ Langmead, Ben; Trapnell, Cole; Pop, Mihai; Salzberg, Steven L (2009). "Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome". Genome Biology. 10 (3): R25. doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25. ISSN 1465-6906. PMC 2690996. PMID 19261174.