یک پالایشگاه زیستی پالایشگاهی است که زیستتوده را به انرژی و دیگر محصولات جانبی (مانند مواد شیمیایی) تبدیل میکند. آژانس بینالمللی انرژی پالایش زیستی را بهعنوان "پردازش و فرآوری پایدار زیستتوده به یک دامنه از محصولات برپایۀ محصولات زیستی (مواد غذایی، غذا، مواد شیمیایی، مواد معدنی) و انرژی زیستی (سوختهای زیستی، نیرو و یا گرما)" تعریف میکند.[۱] پالایشگاههای زیستی میتوانند مواد شیمیایی متعددی را با تجزیه مواد خام اولیه (زیستتوده) به چندین واسطه (کربوهیدرات، پروتئین، تریگلیسیرید) فراهم کنند که میتواند بیشتر به محصولات دارای ارزش افزوده تبدیل شود.[۲] استفاده از زیستتوده به عنوان مادۀ اولیه میتواند منجر به کاهش اثرات زیستمحیطی؛ در قالب انتشار آلایندههای خفیفتر و کاهش انتشار مواد خطرناک شود.[۳] علاوهبر این، پالایشگاه زیستی برای رسیدن به اهداف زیر درنظر گرفته شدهاست:[۴]