پایگاه داده چندریختی تک نوکلئوتید

پایگاه داده چندریختی تک‌نوکلئوتید
محتوا
توضیحپایگاه داده چندریختی تک‌نوکلئوتید
ارگانیسم‌هاانسان
تماس
مرکز پژوهشمرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری
استناد ابتداییPMID 21097890
تاریخ انتشار۱۹۹۸
دسترسی
قالب داده‌هاASN.1، فست ای، اکس‌ام‌ال
وب‌گاهwww.ncbi.nlm.nih.gov/snp/
نشانی اینترنتی دریافتftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/
نشانی اینترنتی خدمات وبEUtils
SOAP

پایگاه داده چندریختی تک‌نوکلئوتید (انگلیسی: Single Nucleotide Polymorphism Database)[۱] یک بایگانی رایگان همگانی برای تنوع ژنتیکی در گونه‌های مختلف است که توسط مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری (NCBI) و با همکاری مؤسسه ملی تحقیقات ژنوم انسان (NHGRI) راه‌اندازی شده است. با آنکه نام این وبگاه حاکی از وجود تنها یک نوع چندریختی (چندریختی تک-نوکلئوتید) است، اما در واقع محتوی انواع متفاوتی از گوناگونی‌های مولکولی است: (۱) چندریختی تک-نوکلئوتید، (۲) چندریختی‌های حذف و جایگیری‌های کوتاه یا indels/DIPs (۳) نشانگرهای میکروساتلیت یا توالی‌های تکراری کوتاه (STRs) (۴) چندریختی‌های چند نوکلئوتید (۵) توالی‌های هتروزیگوت (۶) گوناگونی‌های شناخته‌شده.[۲] این وبگاه همچنین چندریختی‌های خنثی، چندریختی مرتبط با فنوتیپ‌های شناخته‌شده و نواحی بدون واریاسون را هم می‌پذیرد.

پایگاه داده چندریختی تک‌نوکلئوتید در سپتامبر ۱۹۹۸ و به عنوان مکملی برای ژن‌بانک مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری (بایگانی عمومی توالی‌های نوکلئیک اسید و پروتئین‌ها) ایجاد شد.[۲]

در سال ۲۰۱۷ میلادی، مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری جمع‌آوری اطلاعات غیرانسانی را متوقف کرد.[۳] نسخهٔ ۱۵۳ این پایگاه داده (اوت ۲۰۱۹) حاوی ۲ میلیارد ارسال دادهٔ ژنی است که حاکی از وجود بیش از ۶۷۵ میلیون گوناگونی در انسان خردمند است.

جستارهای وابسته

[ویرایش]

منابع

[ویرایش]
  1. ↑ Wheeler DL, Barrett T, Benson DA, et al. (January 2007). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Res. 35 (Database issue): D5–12. doi:10.1093/nar/gkl1031. PMC 1781113. PMID 17170002.
  2. ↑ ۲٫۰ ۲٫۱ Sherry ST, Ward M; Sirotkin, K. (1999). "dbSNP - database for single nucleotide polymorphisms and other classes of minor genetic variation". Genome Research. 9 (8): 677–679. doi:10.1101/gr.9.8.677 (inactive 2020-08-25). PMID 10447503.{{cite journal}}: CS1 maint: DOI inactive as of اوت 2020 (link)
  3. ↑ "Phasing out support for non-human genome organism data in dbSNP and dbVar". 2017-05-09. Retrieved 9 July 2017.