پیشینهٔ تاریخی بقیع به دوران قبل از اسلام می‌رسد ولی در کتب تاریخی به روشنی قدمت تاریخی آن مشخص نشده‌است. بعد از هجرت مسلمانان به مدینه، بقیع تنها قبرستان مسلمانان بوده، مردم مدینه قبل از آمدن مسلمانان به آنجا اجساد مردگان خود را در دو گورستان «بنی‌حرام» و «بنی‌سالم» و گاهی نیز در خانه‌های‌شان دفن می‌کردند[۱] و در واقع بقیع اولین قبرستانی است که به دستور محمد و توسط مسلمانان صدر اسلام ساخته شد.
بر اساس روایت اسلامی اولین کسی که در آنجا به توصیه محمد دفن شد، عثمان بن مظعون بود که از دوستان نزدیک محمد و علی بن ابی‌طالب به‌شمار می‌رفت.
محمد بن عبدالله برخی از کشته شدگان جنگ اُحُد (زخمی‌هایی که در مدینه درگذشته بودند) و یکی از فرزندانش بنام ابراهیم را در آنجا به خاک سپرد. به نوشته تاریخ طبری عثمان بن عفان در قبرستان یهودی‌های مدینه به نام حش کوکب دفن شد، اما بعدها بنی‌امیه بقیع را به قدری وسعت داد که قبر عثمان در بقیع قرار گرفت.
تقریباً تمامی صحابه محمد و شخصیت‌های صدر اسلام در این گورستان دفن شده‌اند. با این وجود تعداد اندکی از قبرها دارای محل دقیق و شناخته شده هستند. قبور ۲۴ نفر از خاندان محمد (اهل بیت) دارای قبر مشخص هستند. این افراد عبارتند از:
حرم بقیع دارای دو درب ورودی بوده که یک درب همیشه بسته، و درب دیگر، ساعاتی از روز بر روی زائران باز بوده‌است. حرم بقیع حالت هشت ضلعی داشته‌است. میرزا محمدحسین گلبن فراهانی در سفرنامه‌اش این‌گونه آورده‌است که:
اول چهار نفر از دوازده امام است که در بقعهٔ بزرگی که به صورت هشت‌ضلعی ساخته شده و اندرون و گنبد آن سفیدکاری است.[۸]
ویژگی بعدی، داشتن محراب است و این که حرم، خادمانی نیز داشته‌است. حرم ائمهٔ بقیع مانند سایر حرم‌ها دارای ضریح، روپوش، چلچراغ، شمعدان و فرش بوده‌است. ابن‌جبیر می‌نویسد: قبرشان بزرگ و از سطح زمین بلندتر و دارای ضریحی از چوب می‌باشد که بدیع‌ترین و زیباترین نمونه‌است از نظر فن و هنر؛ و نقوشی برجسته از جنس مس بر روی آن ترسیم شده و میخ‌کوبی‌هایی به جالب‌ترین شکل در آن تعبیه شده که نمای آن را زیباتر و جالب‌تر نموده‌است.[۹]
محمد لبیب مصری که در سال ۱۳۲۷ هـ. ق به مدینه سفر کرده، می‌نویسد:
در آنجا گنبدی معروف به «قبه‌البین» قرار دارد که حجره‌ای در آن وجود دارد و در میان آن گودالی است که ادعا می‌کنند، جایگاه افتادن دندان پیامبر است؛ و ضریح امام حسن در داخل قبه‌ای است و از فلز ساخته شده‌است و خطوط فارسی بر آن نقش بسته‌است. به گمانم از آثار شیعیان عجم باشد.
وهابیان در ۸ شوال ۱۳۴۴ (۱۹۲۵م) آرامگاه امامان بقیع را ویران کردند.[۱۰] که به این روز یوم الهدم می‌گویند.
تا آن زمان بر روی مزارهای پیشوایان و دیگر بزرگان اسلام که در مدینه مدفون بودند گنبدها و بناهایی قرار داشت. پیشوایان بقیع در بقعه بزرگی که به‌طور هشت ضلعی ساخته شده بود و اندرون و گنبد آن سفیدکاری شده بود مدفون بودند. پس از تسلط وهابیان بر مدینه آنها آرامگاه‌هایی که بر روی قبور قرار داشت را از بین بردند. در پی این رویداد بارگاه حسن مجتبی، سجاد، محمد باقر و جعفر صادق ویران شد و علاوه بر آن مقبره خدیجه همسر، عبدالله بن عبدالمطلب پدر و آمنه مادر محمد (در گورستان ابوطالب واقع در مکه) نیز به‌طور کامل ویران شد.
تاکنون چهار مستند تاریخی و پژوهشی بر اساس اسناد تاریخی توسط گروه مردم نهاد (NGO) گروه مردمی بهشت بقیع ساخته شده‌است که می‌توان آنها را به عنوان اولین مستندها در این خصوص معرفی کرد به ترتیب سال ساخت عبارتند از: «بهشت ماندنی است» و «پنجره‌های بهشت» و «پنجره فولاد بهشت» و «پایان یک سکوت». گروه مردمی بهشت بقیع علاوه بر کارهای رسانه ای در خصوص اسناد تاریخی تخریب پژوهش‌های مختلفی انجام داده‌است.
.jpg){kind=small}
