خداپناهی پس از اتمام دوره دبیرستان در سال ۱۳۴۳ جهت تحصیل به کشور آلمان مسافرت کرد. در آلمان پس از فراگیری زبان آلمانی و طی کردن دوره کالج دانشگاهی مونیخ و پس از موفقیت در امتحانات نهایی کالج وارد دانشگاه کنستانتس آلمان شد و در رشته روانشناسی فیزیولوژیک، به عنوان رشته اصلی و رشته بیولوژی به عنوان رشته فرعی، مشغول به تحصیل شد. در سال ۱۳۵۴ موفق به اخذ درجه فوقلیسانس روانشناسی فیزیولوژیک شد و در دورهٔ دکترای همین رشته به تحصیل ادامه داد.
در ۲۹ مهرماه ۱۳۵۷ که مهندس بازرگان به پاریس میرود در منزل ایشان در پاریس اقامت میکند.[۳]با اوجگیری انقلاب در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ به کشور بازگشته و تحصیل در دوره دکترا را ناتمام گذاشت. پس از انقلاب در سازمان صدا و سیما، وزارت امور خارجه و نخستوزیری مشغول به کار شد و از سال ۱۳۶۳ به عنوان عضو هیئت علمی در دانشکده علوم تربیتی و روانشناسی استخدام شد. خداپناهی در اولین دوره امتحان دکترای روانشناسی دانشگاه تربیت مدرس در سال ۱۳۶۹ شرکت کرد و پس از قبولی و گذراندن دوره دکترای روانشناسی در سال ۱۳۷۴ موفق به اخذ مدرک دکترا شد.[۴]
روانشناسی فیزیولوژیک (با اصلاحات) محمدکریم خداپناهی، چاپ بیست و سوم تهران: سمت سال 1403.
این کتاب در دوره بیستم انتخاب کتاب سال جمهوری اسلامی ایران از طرف وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، به عنوان کتاب سال معرفی و برگزیده شد.
انگیزش و هیجان (با تجدید نظر اساسی)، محمدکریم خداپناهی، چاپ بیست وسوم تهران: سمت سال 1403.
روانشناسی احساس و ادراک، محمود ایروانی، محمدکریم خداپناهی، چاپ بیست ونهم تهران: سمت سال1403.
روانشناسی اجتماعی با نگرش به منابع اسلامی، محمد کاویانی، مسعود آذربایجانی، محمدرضا سالاری فر، سیدمهدی موسوی اصل، اکبر عباسی، سیدمحمد غروی (زیرنظر)، محمدکریم خداپناهی (زیرنظر)، چاپ یازدهم تهران: سمت سال ۱۴۰۲.
نوروسایکولوژی و سایکوفیزیولوژی، محمدکریم خداپناهی، چاپ چهاردهم تهران: سمت سال 1403.
درمان اضطراب و افسردگی، لیزا روت، دانیل ایمن، ترجمه: محمد کاوش نیا، محمدباقر فهامی، محمد کریم خداپناهی، فروغ کاظمی (ویراستار)، تهران: دانشگاه شهید بهشتی، سال۱۳۸۸.
فیزیولوژی عمومی (اعصاب و غدد داخلی)، محمدکریم خداپناهی، تهران: دانشگاه شهید بهشتی، سال۱۳۷۰..
کتاب مرجع نوروسایکولوژی بالینی کودک، سیسیل ار رینالدز، ابلین فلچر-هانزن، ترجمه: محمد کریم خداپناهی، پریساسادات سیدموسوی، فاطمه کشوری، آناهیتا گنجوی، چاپ اول، انتشارات سمت، تهران سال ۱۳۹۲.
مغز انسان و اختلالهای آن، دواگ ریچاردز، تام کلارک و کارل کلارک، ترجمه: محمدکریم خداپناهی، پریساسادات سیدموسوی، مریم ضیایی، سعید قنبری، چاپ چهارم، انتشارات سمت، تهران 1403.
روانشناسی تجربی (پایههای پژوهش) بری اچ گانتوویتز، هنری ال، رودیگر سوم، دیوید جی المس، ترجمه: محمود حیدری، ژیلا کتیبایی، محمدکریم خداپناهی، چاپ اول، انتشارات سمت و دانشگاه شهیدبهشتی، تهران سال ۱۳۹۲.
روانشناسی تجربی (اصول و کاربرد)، بری اچ گانتویتز، هنری ال، رودیگر سوم، دیوید جی المس، ترجمه: محمود حیدری، ژیلا کتیبایی، محمدکریم خداپناهی، چاپ پنجم، انتشارات سمت و دانشگاه شهیدبهشتی، تهران سال ۱۳۹۸.