وی در دوره وزارت جعفر توفیقی در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، به سال ۱۳۸۲ از ریاست مرکز نشر دانشگاهی برکنار شد. برکناری پورجوادی از مرکز نشر دانشگاهی در رسانهها و مطبوعات پر خواننده آن دوره، مورد اعتراض واقع شد. مدافعان عملکرد وی معتقدند که پس از پورجوادی، مرکز نشر دانشگاهی تا به امروز هیچگاه نتوانسته به جایگاه آغازین خود دست پیدا بکند و در سالهای اخیر هیچ گونه فعالیت ابتکاری و نو و مؤثر از این مرکز مشاهده نشدهاست.[نیازمند منبع]
نصرالله پورجوادی هماکنون عضو پیوسته فرهنگستان زبان و ادب فارسی است. پورجوادی پژوهشگر و نویسنده پُرکاری است و نوشتههای وی را ناشران معتبر منتشر میکنند. مقالههای او در مجلههای معتبر به چاپ میرسد. پورجوادی در سالهای اخیر یادداشتهای فیسبوکی مینویسد و در رسانههای مجازی فعال است.
گلشن لطافت، (مناظرهٔ عقل و دولت و بخت) (تصحیح)، سرودهٔ قاسم ساغرجی، ۱۳۸۵.
زبان حال در عرفان و ادبیات پارسی، هرمس، ۱۳۸۵.
لغت موران، شهابالدین سهروردی، تصحیح، انجمن حکمت و فلسفهٔ ایران ۱۳۸۶.
بادهٔ عشق (مجموعهمقالات)، کارنامک ۱۳۸۷.
مجموعهٔ آثار ابو عبدالرحمن سلمی، جلد ۳، گرد آوری با همکاری محمد سوری، تهران: مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران، ۱۳۸۸؛ چاپ دوم: 1398.
دیوان اشعار جلال طبیب شیرازی، (تصحیح)، فرهنگستان زبان و ادب فارسی ۱۳۸۹.
علم التصوف، تألیف در حدود سال ۴۰۰ هجری از نویسندهای ناشناخته، به تصحیح و تحقیق نصرالله پورجوادی و محمد سوری، تهران: مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفهٔ ایران، ۱۳۹۱؛ چاپ دوم: 1397؛ چاپ سوم: 1398.
عهد الست، فرهنگ معاصر، ۱۳۹۳
دریای معرفت، از بایزید بسطامی تا نجم دایه، نشر هرمس ۱۳۹۹
پروانه و آتش، از حلاج تا حافظ (سیر تحولات یک تمثیل عرفانی) نشر فرهنگ معاصر