Aglykoni on glykosidin runko-osa, johon sokeriosa eli glykoni kiinnittyy glykosidisidoksella.
Aglykonia käytetään glykosidien jaotteluun yhdessä glykosidisidoksen tyypin kanssa. Biokemian ja farmakologian kannalta glykosidien käyttökelpoisin luokittelu tehdään aglykonin mukaan. Seuraavassa glykosideja luokiteltuna aglykonin mukaan: