Ensiesiintymisensä Butthole Surfers teki sanantoniolaisessa taidegalleriassa vuonna 1981. Ensimmäinen täysimittainen studioalbumi, Psychic... Powerless... Another Man’s Sac, julkaistiin joulukuussa 1984.
Yhtye on historiansa aikana käynyt läpi useita miehistönvaihdoksia, mutta on yhä toiminnassa.