Endosymbioosi on kahden eliön välinen symbioottinen suhde, jossa symbiootti elää isäntäeliön kudoksissa tai soluissa. Monissa tapauksissa endosymbioosi on välttämätön sekä isäntäeliön että symbiontin selviämiselle, toisinaan taas symbioosista hyötyvät molemmat osapuolet, jotka eivät kuitenkaan ole riippuvaisia toisistaan. Joissakin tapauksissa endosymbioosista on hyötyä vain toiselle osapuolelle ja se saattaa myös olla haitallista toiselle eliöistä.
Esimerkkejä endosymbioosista ovat hernekasvien juurinystyröissä elävät typpeä sitovat bakteerit (rhizobia), riuttaa rakentavien korallien sisällä elävät yksisoluiset levät (zooxanthellae), sekä monille hyönteisille välttämättömät symbionttibakteerit.
Evoluutiossa endosymbioosilla on ollut hyvin keskeinen merkitys. Nykyään hyväksytyn endosymbioositeorian mukaan aitotumaisten solujen soluelimistä mitokondriot ja kasvisolujen viherhiukkaset olivat alun perin bakteereita, joita varhaiset aitotumaiset solut ottivat sisäänsä endosymbionteiksi. Viherhiukkaset ovat olleet alun perin syanobakteereja, mitokondriot puolestaan lienevät purppurabakteereja. Endosymbionttisten viherhiukkasten syntyminen on helposti todettavissa monien yksisoluisten levämäisten eliöiden solurakenteissa, joissa saattaa endosymbiontteina esiintyä enemmän tai vähemmän surkastuneita yhteyttäviä yksisoluisia eliöitä. Tällaisia endosymbiooseja on ilmeisesti tapahtunut evoluution kuluessa useaan otteeseen.