Francisco Flores Pérez (17. lokakuuta 1959 – 30. tammikuuta 2016) oli elsalvadorilainen poliitikko. Hän toimi El Salvadorin presidenttinä vuosina 1999–2004 ja hän edusti konservatiivista Arenaa. Ennen presidenttiyttä hän toimi kansanedustajana El Salvadorin parlamentissa (esp. Asamblea Legislativa de El Salvador), jonka puhemiehenä (esp. Presidente de la Asamblea Legislativa de El Salvador) hän toimi vuosina 1997-1998.
Hänen presidenttikaudelleen oli ominaista läheiset suhteet Yhdysvaltoihin, mukaan lukien Yhdysvaltain dollarin käyttöönotto maan virallisena rahayksikkönä. Presidenttikautensa päätyttyä hän pyrki epäonnistuneesti Amerikan valtioiden järjestön pääsihteeriksi. Presidenttikautensa jälkeen hän oli tutkinnan alla korruptiosyytöksistä.[1]
Hän kuoli aivoverenvuotoon 56-vuotiaana.[2]