Puisto oli alun perin kuninkaallinen hedelmätarha, jonka perusti Juhana III 1500-luvulla. Hedelmien lisäksi kasvatettiin mausteita kuten humalaa, siitä periytyy puiston nimi (humle = humala). Julkisena puistona se on ollut vuodesta 1869. Puiston keskelle pystytettiin vuonna 1885 Carl von Linnén patsas.